扁鹊庙原为始建于元朝的鄚州大庙,又称药王庙,始建于元朝,明清时期达到鼎盛。如今的扁鹊庙是1992年为纪念神医扁鹊而重建的,占地30亩,包括正殿扁鹊祠、东西配殿、扁鹊衣冠冢、宫门和山门。
正殿采用中檐歇山式明代建筑格式,殿里供奉神医扁鹊,两旁有侍童相陪,两侧是八组扁鹊行医的塑像。东西配殿是王叔和、张仲景、雷太已、淳于意、皇甫谧、华佗、孙思邈、韩普济、葛稚川、刘守珍历代十大名医塑像。
围墙南面建有三座高大的山门,每座山门各有三个门洞,全部为砖石结构,门洞内顶部无梁,呈覆釜型,俗称“锅底碹”,各山门前额嵌有长条石匾,上刻各庙的名称,并都冠以“敕建”二字,山门建筑坚固,高大宏伟,构思奇巧,远处望去,甚是壮观。