三元宫始建于明弘治二年(1489年),主祀尧、舜、禹三位大帝,俗称天地水三官,属于道教全真派,因1958年修恒山水库而被淹没,现为重建建筑,占地9.6万平方米,建筑面积9千平方米。
恒山三元宫整体建筑依原形制层层筑台,形成中轴线4座平台。一平台建设气势宏伟的山门,山门前建3座精致的木结构牌楼,山门后建钟、鼓楼。一平台前为游客集散广场,旅游公路从游客集散广场前蜿蜒而过。二平台建前殿、碑廊,左、右配殿和角楼为恒山资源展示中心。三平台建主殿。四平台建后殿。三元宫北侧上平台建白衣殿,下平台建传统民居四合院式小院(接待院)。三元宫南侧建游客接待中心,为游客提供休息、咨询、文化欣赏、民俗活动等服务。
前殿为灵官殿,为单檐歇山顶,面阔三间,进深两间。灵官是道教最崇奉的护法尊神。灵官殿是道教庙宇,道教有众多护法神,王灵官就是地位最高的一位护法神,灵官殿内,供奉的就是王灵官。
主殿为三元殿供奉三元三品三官大帝,为单檐庑殿顶,面阔五间,进深三间。三官大帝即天官、地官、水官,亦称“三官”,又称“三元”,为道教较早供祀的神灵。道经称:天官赐福,地官赦罪,水官解厄。
后殿为三清殿,为重檐歇山顶,面阔五间,进深两间。三清殿是道教供奉最高尊神——三清祖师的殿堂。三清是道教的最高尊神,故而每个道观都必须供奉。三清殿内奉“玉清元始天尊、上清灵宝天尊、太清道德天尊即太上老君”、故名“三清殿”。
白衣殿位于三元宫北侧,主殿依山而建,三层三檐的靠山阁,面宽五间,进深三间;两侧为垛殿、配殿,碑廊等。慈航道人即慈航真人,又称慈航仙姑真人、慈航普度天尊、慈航普渡圆通自在天尊,也称慈航大士便供奉在这里。
慈航道士的父母亲,主要是告诉人们不要忘记孝顺自己的父母亲。正如孝经中讲,立身行道,扬名于后世,以显父母,孝之终也。