学甲慈济宫始建于明末清初,是郑成功收复台湾时,白礁乡部分忠贞军民随郑成功来台,为求渡海平安,由李姓人家恭迎家乡慈济宫神明保生二大帝、谢府元帅和中坛元帅等三尊神像同渡,庇佑众生,并在最初登陆的台南学甲镇兴建慈济宫。
巍峨壮丽的庙宇分前后两殿:前殿供奉全台唯一自福建白礁慈济宫分灵而来的保生大帝,后殿奉祀观音佛祖。建筑雕梁画栋,蟠龙石柱深具古朴艺术价值,更集叶王交趾陶、何金龙剪黏、苏水钦木雕、潘丽水彩绘等大师工艺于一身。宫外两侧分立石狮、旗杆各一对,配以宏伟牌楼,尽显庄严气象。
学甲慈济宫主祀保生大帝(大道公吴真人)神像,是台湾保生大帝庙宇的开基祖庙,终年香火鼎盛,学甲慈济宫每年都会举行“上白礁”遥拜大陆白礁慈济宫谒祖活动,已持续300多年,以农历三月十一日「学甲上白礁」祭典最负盛名。
「学甲上白礁」作为大台南重要香科,其仪程融合多元文化特色:既有宫内祭典、白礁亭谒祖等仪式,亦有法师接香、将军溪畔「大道公埔」请水请火、庙埕过火净秽等传统仪轨;刈香绕境十三庄时,可见艺阁、文武阵头等民俗展演,更有报马牛、报兵、蜈蚣阵、道士净案等开路先锋,完整保留传统香科形制。