崖城孔庙始建于北宋庆历四年(公元1044年),历宋、元、明、清诸朝代,经十几次迁徒、重修。
建于明朝崖城孔庙,庙中建有大成殿、文明门、崇圣祠、尊经阁。其时进庙朝拜者络绎不绝,香火鼎盛,遵圣道而振文教,贤流接踵,善俗日兴。
清道光三年(公元1832年)迁建今址,至今已有九百六十多年历史。古代崖州孔庙,雄踞州城,座北朝南,取鳌山(南山)为拱向,开“文明门”为山门,沿中轴线对称布局,形成宫殿式建筑群。祀典释奠完备,学制学规健全,是实行国家祀典礼制的中国南的州级孔庙。
民国以后,孔庙不再具备旧时功能,兵灾复劫,建筑群多有圯废,礼乐祭器等散尽。
至2003年,仅存主体建筑大成殿、谒台、东西庞、大成门。百年失修,毁损剥蚀,残缺不全,渐失原貌。
1988年5月,三亚市政府拨款对孔庙主体建筑大成殿、大成门和东西庑进行维修。
2003年10月,当地又对孔庙大成殿、大成门、东西庑又进行整体落架维修。
2006年3月,对孔庙大成门前的原有已毁建筑进行复原维修,包括少司徒牌坊、万仞宫墙、礼门、义路、棂星门、泮池、泮桥、前东西庑廊、忠孝祠、节义祠等。
2007年对孔庙后面的崇圣祠和东面的明伦堂进行修复。
崖城学宫占地面积6798平方米,建筑面积约有1530平方米。整座学宫坐北朝南,宫殿式建筑对称组合。学宫取鳌山之鳌头为拱向,沿孔庙“圣殿”中轴线上由南向北直线排列的主体建筑,依次为文明门、尊经阁、少司徒牌坊、万仞宫墙、照壁、棂星门、冸池、泮桥、大成门、天子台、大成殿、崇圣祠(后殿)。从学宫拱向与中轴线上内外建筑布局的特点上看,“文明门”实则为崖州学宫而开,是崖州学宫整体格局中的昭示文教兴旺的标志性建筑。大成殿陈设有:孔子和“四配”(颜子、曾子、子思、孟子)塑像5尊及木雕神龛;十二哲人牌位;大小供桌、香炉烛台和各种祭器;主要乐器有一架16口编钟、一架24块纺馨、古琴、笛、箫、牌、大吊钟、楹鼓、十六戟架等。
1990年1月,崖城学宫被三亚市人民政府公布为市级文物保护单位;
1994年11月崖城学宫被海南省人民政府公布为省级文物保护单位;
2013年,经国务院批准,崖城学宫列入第七批全国重点文物保护单位;
崖城学宫晋升为全国重点文物保护单位,对于保护、开发三亚文化资源,推进海南国际旅游岛文化建设,具有重要意义。加上其历史地位与建筑特色,以及其地理位置的特殊性,造就了这座实行国家祀典礼制的中国南的州级孔庙,有着深远的历史价值、艺术价值和科学价值。