铜石并用时代,百草沟遗址境域已出现狩猎兼营农业的生产活动。
1952年,百草沟中学学生在新华闾(遗址附近的一处村庄)采集到石器,吉林省文化局相关工作人员前往调查,发现了百草沟遗址。
1953年,吉林省博物馆组成发掘小组,对百草沟遗址进行了为期16天的发掘工作,发掘面积50平方米。
百草沟遗址,地势平坦,东西长约1500米,南北宽约500米,面积约75万平方米,东起嘎呀河岸,西至窟窿山脚下,南侧为满天星风景区,东部的扣锅顶子山和西部的窟窿山形成了2道天然的屏障,遗址西北2华里处新华闾村村后的北山坡上有1处同一时期的墓葬,汪延公路从遗址偏西方向穿过。百草沟遗址是一处青铜时代到铁器时代的大型聚落址,分上下2个文化层。上层,厚0.15米左右,为铁器时代遗存,居住址为浅地穴式建筑,居住面为黄沙土加黑灰抹平,厚约10厘米;下层,厚0.6米左右,为青铜时代遗存,居住址亦为浅地穴式,居住面多未经加工。
百草沟遗址分上下2个文化层。上层为铁器时代遗存,居住面上发现有础石以及灶台、烟道等,出土器物有石斧、石刀、研磨器、石匕首、环状石器、磨盘、磨棒、砂岩磨石、陶豆、陶甑、陶盆、陶罐、陶瓮、铁斧等;下层为青铜时代遗存,居住址有础石,出土文物有石戈、石斧、青铜扣、骨针、骨匕首、卜骨、骨凿、陶盆、陶罐、陶碗等。
百草沟遗址对认识图们江流域青铜至早期铁器时代考古文化的面貌特征和演进格局提供了珍贵的科学资料,也为建立汪清县地区考古文化的编年序列找到参考,对研究中国东陲开发历史具有很高的历史和科学价值。
1961年4月13日,百草沟遗址被吉林省人民政府公布为吉林省第一批重点文物保护单位。
2006年5月25日,百草沟遗址被中华人民共和国国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。
2016年,汪清县强化非物质文化遗产和历史文化的挖掘、传承、保护和开发,加大对百草沟遗址挖掘保护为主的开发,加快遗址保护项目和产品开发,实施遗存保护与旅游开发并重的产业格局。重点实施大遗址公园、满台城山城遗址等综合保护开发项目。通过新田、富岩、棉田遗址展厅和山城遗址游赏区建设,再现历史上北沃沮、高句丽、靺鞨、契丹、蒙古、女真等民族的劳动生息,传承青铜——铁器时代中有代表性的北中国文化。
百草沟遗址是战国至魏晋时期,图们江流域古代文化遗存,是东部山区青铜至铁器时代中具有代表性的遗存,图们江北岸一部分为北沃沮故地,属于东北古代北沃沮族的文化。