宋、明两代又有增刻和修葺。崖壁上下共五级,佛大者数丈,小者仅盈尺,或五、六尊为一龛,或七、八尊为一龛,望之如蜂房鸽舍,号称千佛崖。还有南唐书法家徐铉、徐锴题名,宋游九言书“古千佛岩栖霞寺”及明代重修佛龛题名等。
明征君碑碑文记载栖霞山千佛崖石窟的缘起和经过,共33行,满行74字,由唐高宗李治所撰,由高正臣行书书写,王知敬篆额,碑阴刻“栖霞”二字,相传为李治所书。这是我国早的行书碑之一,笔画圆润丰泽,结构严谨,艺术价值高。该碑的碑材含距今2.8亿年的海百合茎和中国孔珊瑚等浅海动物化石,系地质学界罕见的化石标本。
清咸丰年间,千佛崖遭严重破坏。1925年,住持僧若舜用水泥粉饰全山石像,使之失去原貌。“文化大革命”中又遭破坏。现存造像515尊,佛龛294座,除少数完好外,大部分已残缺。
1994年10~12月,南京市博物馆对千佛崖石窟造像进行考古调查。1998年4月,南京市文物研究所受省文化厅和市文物局的委托,主持召开“修缮栖霞山千佛崖佛教造像论证会”。1999年12月,南京市文物研究所开始对千佛崖文物进行全面的考古调查与研究工作。
千佛崖文物的总体格局至今未变,重要文物都还保存在原来的位置上,没有遭到大的破坏;整体环境保护较好,无任何现代建筑,也无挖沟、筑路、垦荒等破坏现象发生。栖霞山千佛崖山体为石灰岩,石质疏松,易于风化,现山体遍布裂隙,山崖有剥落滑坡的危险。千佛崖石窟经唐代武昌法难、南宋金兵侵犯、晚清连年兵祸、“文革”破旧立新,使石窟造像遭到严重破坏。民国年间栖霞寺僧将所有造像的表面涂抹水泥,为了增加水泥的附着力,还在造像表面凿出许多小孔。山上山下杂树丛生,有碍景观。
对千佛崖石窟及其顶部崖面上的裂隙作灌浆处理,进行加固,使石窟得到永久性的保存。对每一尊造像进行防酥解、防风化处理。对无头和缺臂断腿的造像进行一定数量的修复以显示优秀传统文化的神圣性,提高千佛崖石窟的观赏性。对舍利塔和明征君碑同时作保护维修,修补舍利塔缺损的出檐和重雕缺损的文殊菩萨像。清除石窟顶部崖面和路边的杂树杂草,重新设计改造环境,修整道路,搞绿化景点组合。在重要窟龛前安装栅栏,使造像不再遭受人为的破坏。收集所有的文物考古资料,进行全面系统的综合研究,撰写成大型的考古研究报告出版。