两处遗址的文化堆积丰富，出土遗物包括各种石器、骨器、穿孔蚌器、夹砂的褐色陶器、人骨和大量动物骨骼。此外，遗址附近还发现有种植水稻的遗迹。

仙人洞遗址的洞口朝向东南，前面有一条小河。遗址出土遗物丰富，有石器、骨器、穿孔蚌器、陶片和人头骨、下颌骨、牙齿等，还有数以万计的动物骨骼碎片。其中特别的是年代超过万年的夹粗砂条纹陶、绳纹陶，这不仅是东亚地区，也是世界上目前发现年代早的陶器标本之一。此外，还发现了12000年前的野生稻植硅石和10000年前的栽培稻植硅石，这是现今所知世界上年代早的栽培稻遗存之一。遗址发现有华南地区洞穴罕见的从旧石器时代晚期向新石器时代早期过渡的清晰地层堆积，为探讨人类如何从旧石器时代过渡到新石器时代这一世界性大课题提供了重要资料。

时代在新石器时代早期。两遗址在石制品加工和陶器制作方面有明显差异。陶片为目前发现的中国原始的陶制品之一。发现了从旧石器时代向新石器时代过渡的清晰的地层关系证据，并找到新石器早期的水稻遗存。遗址的地层堆积，涵盖了由旧石器时代末期向新石器时代过渡的完整地层序列，它对于研究人类如何由旧石器时代过渡到新石器时代，提供了一个完整的文化演进过程。尤其是对有关稻作农业起源、陶器的发现、动物的驯化等重大学术课题的解决提供了相关的考古学证据，揭示出目前我国从旧石器时期向新石器时期过渡的清晰的地层关系证据。2001年被国务院批准为第五批全国重点文物保护单位名单。