2000年4月,国务院文件批准建立长江上游合江至雷波段珍稀鱼类国家级自然保护区。
2005年4月,国务院对保护区范围作了调整,并更名为“长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区”。
保护区江段总长度为1162.61公里,总面积为33174.213公顷,涉及云南、贵州、重庆、四川四省一市。主要包括金沙江向家坝坝轴线下1.8km至重庆马桑溪长江江段353.16km,岷江月波至岷江河口90.1km,赤水河源至赤水河河口628.23km。其中,核心区10803.5公顷,缓冲区15804.6公顷,实验区6566.1公顷。
保护区范围涉及流经包括贵州、云南、四川和重庆四省、市在内的长江上游流域。长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区面积33174.2公顷,核心区10803.5公顷,缓冲区15804.6公顷,实验区6566.1公顷,主要保护对象仍然为白鲟、达氏鲟、胭脂鱼等长江上游珍稀特有鱼类及其产卵场。范围在东经104°9′至106°30′,北纬27°29′至29°4′之间,包括建成后的金沙江向家坝水电站坝轴线下1.8公里处至重庆长江马桑溪江段,长度353.16公里;赤水河河源至赤水河河口,长度628.23公里;岷江月波至岷江河口,长度90.1公里;越溪河下游码头上至谢家岩,长度32.1公里;长宁河下游古河镇至江安县,长度13.4公里,南广河下游落角星至南广镇,长度6.18公里;永宁河下游渠坝至永宁河口,长度20.63公里;沱江下游胡市镇至沱江河口,长度17.01公里。调整后的保护区设核心区5处,分别是:金沙江下游三块石以上500米至长江上游南溪镇,长江上游弥陀镇至松既镇,赤水河干流上游鱼洞至白车村,赤水河干流中游五马河口至大同河口,赤水河干流习水河口至赤水河口。
截至2009年,保护区水域分布有鱼类189种,属9目21科99属,浮游植物6门53属,浮游动物51属87种,维管束植物24属33种,底栖动物40属50种。长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区主要保护对象是珍稀特有鱼类及其生境。保护区内属于国家一级重点保护的鱼类2种,即白鲟、达氏鲟、二级重点保护的1种,为胭脂鱼。此外还有长江上游特有鱼类66种。
为维护长江上游鱼类种群多样性和长江上游自然生态环境,合理持续利用渔业资源,补救因水电工程建设和经济建设等人为因素对自然生态系统造成的影响,及时拯救长江上游濒危鱼类。
四川省、贵州省、云南省、重庆市及有关市、县都已设立了保护区管理局(处、站),在农业部统一领导协调下开展了大量的保护管理工作。法律法规制定、管护设施建设、渔民转产专业、珍稀特有鱼类增殖放流、保护区资源环境监测、社会经济调查、科学研究等工作正有效开展。
宜宾市在保护区范围的区、县有二区四县,分别是翠屏区、南溪区、屏山县、宜宾县、江安县、长宁县,宜宾市水产渔政局同时增挂国家级自然保护区管理处,管理辖区内保护区工作。
重庆段保护区机构设“一局、三处、两站”。重庆保护区管理局依托重庆市渔政渔港监督管理处建立。在长江巴南区渔洞江段设置“巴南管理处”,在长江江津市几江江段设置“江津管理处”,并分别在朱扬镇、白沙镇设置保护站,在长江永川市松既镇江段设置“永川管理处”。管理机构人员编制共计32人。采用和当地渔政部门合署管理方式,实行“一套人马,两块牌子”。