它是雅砻江和黄河上游重要的水源补给地,与青海三江源国家级自然保护区通天河、扎陵湖、鄂陵湖核心区直接相连,形成不可替代的保护网络,具有全球意义的生物多样性保护价值。
长沙贡玛自然保护区始建于1995年,建立之初为州级自然保护区,1997年晋升为省级自然保护区。自2006年开始,该保护区申请晋升国家级,历时3年,在国家林业局和环境保护部的大力支持下,2009年成功晋级国家级自然保护区。
长沙贡玛是西藏野驴在四川的庇护所,区内分布的西藏野驴种群数量超过四川省该物种个体总数的一半。除此以外,长沙贡马还拥有丰富的生物多样性,区内共分布有44种兽类、155种鸟类、3种两栖类、6种鱼类,包括16种国家一级重点保护野生动物和32种国家二级保护野生动物。保护区内湿地平均海拔高度4500米,其独特的淡水草本沼泽湿地为中国高纬度、高海拔地带所独有,是四川省的湿地保护区之一。它与若尔盖湿地共同起源于第四纪末次冰川冰碛湖泊的退缩。保护区内湿地面积27万余公顷,占保护区总面积的41%,其中嵩草-苔草沼泽湿地20万公顷、嵩草沼泽湿地1万公顷、其它类型湿地6万公顷,包括471个冰碛湖泊,蓄水总量达670亿立方米,相当于1/5个三峡库容。
其主要保护对象的典型性、稀有性、濒危性、代表性较强,在保护生物多样性和生物资源、维持生态系统良性循环、促进人与自然和谐发展、积极应对气候变化等方面,具有重要作用。保护区内藏野驴数量多,密度高,在同类型自然保护区中是极为少见;长沙贡玛自然保护区是长江、黄河的源头地区,区内大面积的高山草甸和高寒湿地对于保护高山草甸生态系统和稳定长江、黄河水源都具有重要意义。