2012年,保护区经国务院批准升级为国家级自然保护区。
云南元江国家级自然保护区保护区位于云南省中南部,玉溪市元江县境内,地理坐标为东经101°21′24″~102°21′12″,北纬23°19′12″~23°46′12″。
从大地构造单元的划分来看,保护区正处在两大一级构造单元的结合地带,即大体以红河深断裂为界,西部为兰坪—思茅褶皱系的中间部分,东部为扬子准地台的一部分。第三纪中新世以后的喜马拉雅运动对本区影响巨大,哀牢山与滇中高原的抬升,随着元江的不断加深的切割,造成山川相间高差巨大的地貌格局。第四纪以来,新构造运动对元江继续深切,两侧山体不等量上升,对元江地区地形有极大影响。
云南元江国家级自然保护区地貌格局,受两深大断裂带的控制非常明显。自然保护区所属各片,为元江河谷的局部断陷宽谷段并兼有哀牢山和滇中高原边缘山地的特征。保护区主要为山地地貌,属哀牢山东坡与滇中高原西侧的构造侵蚀山地,平均在海拔1800~2000m之间,高峰为元章巴部的阿波列峰,海拔2580m。元江县境内无大型坝子,保护区内只有断陷侵蚀宽谷地貌。为与元江走向一致的狭形盆地和两边的阶地。保护区内除少数河流发育有宽谷外,河道两侧均为“V”形峡谷,其中以小河底河、清水河峡谷典型。值得提到的是元江宽谷海拔较低,与四周山地相对形成低洼环境,对形成干热河谷气候创造了条件,直接影响了植被类型的复杂与特殊性。
河流
元江河谷呈干热状态,山地地表水较丰富。保护区皆属红河(元江)水系,由元江干流及发育于两侧山地上的众多河流组成保护区水系网。
元江,源于大理州巍山县境内,元江县以上分段称礼庄江、石羊江、戛洒江、漠沙江,元江段以下称红河,南流在河口县出境入越南,于海防汇入此部湾。元江在县境内流程79.52km,流域面积2299km,洪水期流量4300 m/s,枯水期4.1 m/s,平均流量177m/s,洪枯变化极大。元江在保护区及附近的一级支流有清水河(源于县内的章巴老林一带,年平均流量7 m/s,洪水期流量可达390m/s),南溪河(源于县内的老溪老林一带),以及发源于峨山县的小河底河(上游称清香河、化念河,经元江称小河底河,在元江、石屏、红河三县交界处汇入元江,是在元江三个支流较大的一支洪水期流量可达1400 m/s)。
地下水
元江谷地虽属干热河谷,但山体上部降水仍较丰富,加之山上部分植被覆盖度较好,易于水源涵养。变质岩和沉积岩为主的山地,有利于储水和集水出露,裂隙泉水较多。
土壤类型。根据中国土类分类,自然保护区内的天然土壤,可划分为4个土纲,5个土类和5个亚类。即铁铝土土纲的赤红壤与红壤土类,淋溶土土纲的黄棕壤土类,半淋溶土土纲的燥红土类,初育土土纲的石灰土类。
(1)热带雨林。保护区热带雨林中,有山地雨林1个亚型,含粗穗石栎林、千果榄仁林两个群系,2个群丛为:粗穗石栎林和千果榄仁林、茶条木林。元江自然保护区的山地雨林的海拔高度大致为1600~1700m,显然高于云南山地雨林普遍分布的海拔高度。并且,保护区内的山地雨林群落大都在群落中出现大量季风常绿阔叶林成分、群落中有一些次生物种等。
(2)季雨林植被型有半常绿季雨林1个亚型、4个群系、7个植被群丛。分布在曼旦、西拉河等600~1000m的范围。
(3)常绿阔叶林植被型中有3个植被亚型14个群系、16个群丛。保护区河谷地带气候干热,发育干热河谷植被;海拔1000m以上,气候逐渐湿润,由于热量丰富,形成了多种常绿阔叶林。季风常绿阔叶林主要分布在章巴望乡台片,海拔约2000m左右。
(4)硬叶常绿阔叶林植被型中,有干热河谷硬叶常绿栎林1个植被亚型,两个群系。
保护区是中国硬叶林分布的南区域。保护区内的硬叶林主要分布在西拉河、普漂片区、曼旦片区等河谷及其支流上方,海拔范围为700~1000m。
(5)落叶阔叶林植被型中有两个植被群系分别为栓皮栎林和水青树林。栓皮栎群落主要分布于清水河,海拔1200m左右,多为过去当地人放牧和砍柴的地方,后来由于被纳入保护区,就没有人为破坏,所以植被恢复得比较好。元江自然保护区内的水青树分布较少,主要分布在元江章巴片区及章巴片区。一般不形成大片群落,而是成点状零散分布,并且只出现在海拔2100m以上的区域。
(6)暖性针叶林植被型中有暖热性针叶林、暖温性针叶林两个植被亚型,3个群系:即思茅松林、云南松林和云南油杉林。思茅松在自然保护区西拉河附近海拔1053~1100m的范围有分布;云南松林分布在海拔约1900m以上的局部区域;而保护区内云南油杉分布在海拔约1300~1400m左右的局部区域。
(7)稀树灌木草丛植被型中有1个植被亚型,即干热性稀树灌木草丛,4个植被群系。
元江自然保护区的稀树灌丛属于干热性稀树灌木草丛亚型,分布在普漂、曼旦、施底新村、农场六大队片区,一般不形成大片群落,而是成片状断续小片状。群落结构主要是以草本为主,其盖度常达80%以上,草本的主要成分为黄茅。分布于自然保护区海拔350~890 m之间。干季群落呈现一片枯黄景色,雨季前后又重新返青而茵绿。
(8)灌丛植被型中有干热河谷灌丛1个植被亚型、霸王鞭和黄花稔两个群系。
截至2012年,云南元江国家级自然保护区由两个片区组成,即元江东岸片区(以下简称江东片区)和章巴望乡台片区(以下简称章巴片区),保护区总面积22378.9公顷。
云南元江国家级自然保护区主要保护对象是中国干热河谷典型的河谷型萨王纳植被、较完整的山地常绿阔叶林和丰富的珍稀野生动植物资源。
云南元江国家级自然保护区有维管束植物206科931属2303种。其中蕨类植物40科96属223种;裸子植物3科4属8种;被子植物163科831属2072种。
其中蕨类植物区系属于热带亚热带性质,植物属的地理成分以泛热带分布和东亚分布多,分别占总数的34.6%和28.3%;植物种的地理成分以东亚分布和热带亚洲分布多,分别占45.6%和31.1%。种子植物有明显的热带性质,植物属和地理成分热带性质分布的占67.7%;植物种的地理成分热带性质分布的占65.5%。虽然保护区内随着海拔的升高,植物区系的温带成分逐渐增多,但热带成分仍然很高。
兽类
保护区记录到兽类动物97种,列入国家Ⅰ级重点保护的有:灰叶猴、蜂猴、倭蜂猴、熊猴、金钱豹、云豹、林麝和中国穿山甲等8种,列入国家Ⅱ级重点保护的有黑熊、水獭、金猫、中华鬣羚、川西斑羚、斑灵狸、水鹿、猕猴、短尾猴、豺、青鼬、小爪水獭、江獭、大灵猫、小灵猫、丛林猫等16种。
鸟类
保护区已记录到的鸟类动物58种。其中留鸟179种(亚种)、夏候鸟24种(亚种)、冬候鸟51种(亚种)、旅鸟4种(亚种)。列入国家Ⅰ级重点保护的鸟类动物为绿孔雀,列入Ⅱ类重点保护的有白鹇、原鸡等24种。
两栖爬行类
保护区已记录到的两栖类的动物53种,爬行类动物71种,列入国家Ⅰ级重点保护的有巨蜥、蟒蛇和鼋等3种,列入Ⅱ级重点保护的有虎纹蛙、红瘰疣螈、山瑞鳖、大壁虎等4种。
鱼类
保护区共有鱼类34种,其中鲤科20种,鳅科2种,平鳍鳅科2种,鱼兆科3种,鱼尝科2种;鲇科和胡子鲇科各1种,刺鳅科1种。暗色唇鱼表被《中国濒危动物红皮书》列为稀有种类。并于1989年还被列入云南省级保护动物。
昆虫
保护区记录到昆虫类132种,隶属于4目23科。
(以上数据统计于2013年)