1978年,巧家县政府在药山筹建“荞山森林管理站”。
1980年,设立“药山森林公安派出所”。
1984年4月5日,云南省政府批准建立药山省级自然保护区,划定面积10215公顷,并在药山镇设立了药山自然保护区管理所。
1990年后,由于在巧县内的杨家湾发现了巧家五针松群落(1999年被国家认定为Ⅰ级重点保护野生植物),以及在金沙江边发现国家Ⅱ级重点野生植物——攀枝花苏铁群落,保护区范围扩大。
2003年,进行自然保护区科学考察,正式确定了保护区边界,面积扩大到20141公顷。
2005年,经国务院批准正式列药山为国家级自然保护区(国办发[2005]40号文),面积20141公顷,药山自然保护区管理所也升格为管理局。
2005年11月,巧县林业局和保护区管理局委托云南省林业调查规划设计院制定“云南药山国家级自然保护区总体规划”,通过专家评审并上报。
2006年2月,巧县林业局和保护管理局委托省林业调查规划设计院开展“保护区建设工程可行性研究”,《可研报告》经过专家评审,并随云林计财[2006]33号文件上报国家林业局。
2006年6月,国家林业局以林计批字[2006]159号文《国家林业局关于保护区基础建设项目可行性研究报告的批复》,对该项目主要建设内容及投资作了批复。
2007年3月市、巧县编委批准成立云南药山国家级自然保护区管理局,为巧家县人民政府管理的副处级参公管理事业单位,业务上受林业部门指导。
云南药山国家级自然保护区位于云南省昭通市巧家县境内,由南北互不相连的两片组成。
北边的药山片为保护区主体部分,地处金沙江与其主要支流牛栏江的汇合处,地理坐标,东经102°57′47″~103°10′13″,北纬27°08′54″~27°25′31″;南边的杨家湾片位于巧家县城中南部,地理坐标:东经102°59′59″~103°01′33″,北纬26°50′38″~26°53′47″。
保护区所在地域属我国西部型的低纬高原季风气候,有着日温差大,年温差小,干湿季分明等特点,雨热同期,干暖季立体气候明显。气温随海拔高度的增加而呈明显的降低之势。热月(7月)平均气温从27.3℃下降到13.5℃;冷月(1月)平均气温从12.2℃下降到-0.1℃,降水量也随海拔高度的不同而差异明显。海拔1200米以下左右,年降水量不足1000毫米;海拔2000米左右,年降水量在1100毫米;海拔2500-3000米,降水量多;可达1500毫米。6-9月为雨季,占全年降水量的70%,在光能资源上,年日照平均时数为1889.5小时;海拔840米,在全省处于中低值区。
药山国家级自然保护区河流属金沙江水系,各大小河流呈放射状自轿顶山流出,进入金沙江与牛栏江。长度大于10千米的河流约11条,河床坡降比大,水流湍急,河水经流量的季节性很强,雨季(5-10月)汛期经流量占全年的75%,旱季因降雨少,河水经流由地下水补给。地下水的主要形式有孔隙水,裂隙水和岩溶水三种,其中风化玄武岩裂隙水是保护区主要的地下水类型。
药山是乌蒙山脉的西支,为金沙江与其支流牛栏江的分水岭。呈北南走向。主峰轿顶山海拔4041.5米,为滇东北高峰,山顶与河谷间的相对高差达3500米,在大地构造上地处古杨子板块的西部,为滇东台褶带组成部分,其西部边缘是中国的小江断裂带。保护区的地层层序清楚,构造形态和构造运动遗迹完好,既有古陆板块内的古裂谷活动遗迹,又有新构造成运动痕迹。第四纪冰川活动遗迹完整而典型,古生代以来的地质地貌演化,深刻地影响了这一地区的地理特征在地貌区划类型上。属滇东岔地山原区的滇东北中山山原亚区的构造溶蚀侵蚀地貌。保护区既有高山峡谷,也有断崖岩坎,山势险峻,山顶面为受古冰蚀作用改造的夷平面,地形平缓延绵、角峰、刃背、溧砾、槽、洼地常见,且分布有数十处大小不等的冰蚀湖。
药山特定的地理位置和山体高度、水热条件和植被随高度的变化,致使不同海拔高度的土壤,其形成过程、强度和发育方向不同,形成了性状特征截然不同的土壤类型,表现出非常明显的垂直分布规律。从金沙江、牛栏江河谷到药山山顶,随着海拔的升高,依次分布有以下土壤带:燥红土、红壤、西坡、黄棕壤、棕壤、暗棕壤、亚高山草甸土、高山寒漠土。土壤垂直带谱属于季风性带谱系统,据基带土壤红壤与优势土壤垂直带所属土纲(铁铝土、淋溶土)来看,带谱类型系亚热带湿润型,是滇东北、川西南、黔西地区具代表性的、也是典型完整的土壤垂直带谱。
云南药山国家级自然保护区管理局内设办公室、宣传教育科、保护管理科、科研所四个副科级科室,下设东坪管理所、药山管理所、杨家湾管理站、大村管理站、红山管理站、大寨管理站2所4站。