1991年，在时任福州市委书记的部署推动下，福州高新区成功获批全国高新区。福州高新区实行“一区多园”的管理模式，下辖海西高新技术产业园、生物医药和机电产业园以及洪山、仓山、马尾和福州软件园等6个园区，并于2013年7月开始托管闽侯县南屿镇和上街镇5个村，整合后的福州高新区总面积约193.07平方公里（其中规划建设面积约66平方公里）。2016年6月，经国务院批复同意建设国家自主创新示范区。

实力稳步提升。相继获评国家(福州)显示器件产业园、国家火炬计划软件产业基地、国家半导体国际创新产业基地、文化和科技融合示范基地、国家863软件专业孵化器福州基地、国家软件与集成电路人才国际培训基地、专家服务基地等荣誉。2015年，福州高新区综合实力在全国116家国家高新区中位居第34名。2016年，全区完成工业总产值1190亿元，一般公共预算总收入47.2亿元，出口总额54亿美元。

创新效应凸显。构建“126”特色创新创业体系，已引入中科院海西研究院、中科数据应用技术研究院、国家知识产权专利审查协作分中心等一批区域创新平台，拥有高新技术企业184家，省级工程技术中心19个，院士、博士后工作站17个，发明专利1174项，聚集中科院院士10余名，国家“千人、万人计划”等专家人才198人，建成中国（福州）留学人员创业园等各类孵化器面积逾25万㎡，引进启迪之星、微软云、Google等20多家创客空间。

产业集群发展。充分发挥对台合作区位优势，以华映科技、星网锐捷、新大陆等龙头企业，推动高新技术产业发展，初步形成以新一代信息技术产业为特色主导、以装备制造、生物技术、新材料产业为培育、以现代服务业为支撑的“131”产业发展格局，已拥各类上市企业34家，中国东南大数据产业园、中国（福州）物联网产业基地等迅速发展，成为福州市高新技术密集、创新资源集聚、人才资源集中、土地利用价值较高、经济发展带动作用比较明显的区域。