太和二十一年(公元497年),北魏孝文帝亲自率军南下,临行前,将冯妙莲册封为皇后。行至汝南时,文帝最小的妹妹彭城公主前来,原来皇后逼公主嫁给自己的胞弟冯夙,公主不愿意,求孝文帝作主。“冯夙人品低且不谈,他是皇后的胞弟,皇后淫乱后宫,妹妹实在不愿嫁。”公主哭诉道。
“什么?”孝文帝大吃一惊,连忙追问。公主告诉他,皇后趁他南征,与宫中执事高菩萨私通,最近竞公开淫乱,宫中上下都知此事,只是不敢告诉皇上。孝文帝真不敢相信他一向宠爱的柔媚有情的皇后竞会做出如此事来。于是派人暗暗察访。过了年,孝文帝回到洛阳,先对皇后宫中的小黄门苏兴寿秘审。苏兴寿将皇后与高菩萨私通的事全盘托出。这下孝文帝气得发昏,决定亲审冯妙莲。他先将高菩萨等抓起来拷问出实情,原来高菩萨本是医生,冯妙莲在家养病时与其勾结,进宫后,也将其引入宫中继续私通。审问时,孝文帝怕皇后害他,叫人搜遍她全身。冯妙莲跪在龙床前,不停谢罪。孝文帝命她站起来,赐座给她。又命高菩萨把所供认的罪状当她的面陈述一遍,然后看着她说:“你做下这种事对得起朕吗?”皇后只好从实招来。
太和二十三年,身在鄂北战场的孝文帝身染重病,回程中,弥留之际,嘱咐彭城王元勰:“我死之后,赐皇后死,另择地厚葬,以掩冯门之大过。”
公元499年,北魏最有作为的皇帝与世长辞了,年仅三十三岁。