日本锦蛇身长约有100至200厘米,雌蛇体格一般较雄蛇为大,躯体横切直径约为5厘米。日本锦蛇是体型最大的日本蛇类之一,但如果包括日本西南群岛范围的蛇类在内的话,其体型则尚次于黑眉锦蛇(Elaphe taeniura)、王锦蛇(Elaphe carinata)及日本原矛头蝮(Protobothrops flavoviridis)。日本锦蛇身体以棕色、青色及橄榄色为主。背鳞为数约有23至25排鳞片,腹鳞则有221至245片,身体两侧的鳞片非常粗糙,有强力的抓缘力,能让日本锦蛇轻易攀上垂直的大树。
与一般锦蛇相比,日本锦蛇的头部较呈四角形,当它们感到受威胁时,会从口中释出一股臭味,以助逃逸。日本锦蛇的幼蛇阶段时,外表跟日本蝮(Gloydius blomhoffii)颇为相似,时常令人混淆。这大概是日本锦蛇的一种拟态手段,利用外表模仿日本蝮以达到威吓外敌的效果。然而毕竟有方法可以区别二者,日本锦蛇的眼镜呈圆形,而日本蝮的瞳孔则呈直线,状如猫眼。
日本锦蛇主要分布于日本地域,包括北海道、本州、四国、九州、大隅群岛、国后岛等,是日本本土的特有种。
日本锦蛇多于平原、山地、森林、草原、水边或农地中生活,擅长攀爬树木,然而多于地面上行动。它们既能攀上树木,又能出没于地底及下水道,活跃范围相当广泛。它们之所以会遁入下水道中,目的是为了追捕鼠类,有时更会因此而随老鼠窜进民居。
其摄食对象主要以鸟类、鸟蛋及小型的哺乳动物为主,幼蛇也会进食两栖动物及其它爬虫动物。然而日本锦蛇亦有不少天敌,包括乌鸦、金雕、猪及貉,幼蛇则常被野猫及四线锦蛇所捕食。
繁殖方面,日本锦蛇是卵生蛇类,每年约于5至6月进行交配,7至8月左右雌蛇就会开始产卵,每次能产下4至17枚蛇卵。