南浔中学创办1925年5月,学校下设校务办公室、教务科、教科室、总务科、学生科和团委等六个职能科室,负责学校的日常事务管理和运作。学校成立了语文组、数学组、英语组、物理组、生化组、史地组、政治组、技能组和体艺组九大教研组,教师以教研组为单位办公和开展教育教学活动。学校还成立了高一年级组、高二年级组和高三年级组,负责处理年级事务和同年级班级间的协调工作。
在师资方面, 学校拥有一支高效精干的师资队伍。专任教师120余人,任课教师具有大学本科以上学历的占94%以上,中级职称教师占教师总数的45%以上,高级职称的教师占教师总数的30% 以上 。同时有省市各级教育明星、名教师、教学能手、教坛新秀10多人,具有硕士学位的教师3人。
1995年下半年该校被认定为浙江省首批示范性综合高中。新型的办学模式和出色的办学成果得到国家教育部领导和中央教科所专家的肯定,学校也在省内外享有一定的影响。1997年10月29日《中国教育报》在中学课程改革系列报道中以《学分制挺进高中校园》为题对南浔中学的办学模式作了长篇报道,教育部基础教育司、国家高级教育行政学院合办的《基础教育改革动态》 1998 年第 10 期刊登了该校教育模式改革的论文《探索学分制管理推进综合高中实施素质教育》,各级教育报刊、杂志、电视等媒体相继介绍南浔中学综合高中的改革情况。
1999年5月,原浙江省教委在该校召开了浙江省首次综合高中办学经验交流会,1998 、1999 两年,学校先后被授予“区级文明学校”、“市级文明学校”、“省级文明学校”、“市教科研先进集体”、“省教科研先进集体”;2001年获“市文明单位”。
2002年6月,浙江省综合高中教育模式研究开题会在该校召开;学校教科研主课题《选科·学分制管理综合高中》,获省人民政府首届基础教育教学成果一等奖,学校教科研课题《中学生心理因素与德育工作层次性研究》,获省学校心理专业学会论文评比二等奖; 2003 年该校被批准为首批省一级重点综合高中;该校还被评为市级德育先进集体、湖州市读书活动先进集体、湖州市校务公开先进单位。
2005年底,南浔中学再次顺利通过湖州市“平安校园”考核与浙江省二级重点普通高中评估。
南浔中学办学83年来,英才辈出,著名作家、诗人徐迟,生物学家、原北大校长张龙翔,中国音协常务副主席孙慎,我国第一代飞机设计师徐舜寿,原中央委员、国务院研究室主任桂世镛等为该校的历史增添了灿烂的一页;更有两万多名毕业生走向高校、走向社会,为国家建设辛勤奉献。近年来学校教育质量稳步提高,高考上线率一直稳定在较高的水准,赢得了良好的社会声誉。