南京大屠杀
1937年七七事变后，日本展开对中国全面大规模侵略。同年8月13日~11月12日日本侵略军在上海及周边地区展开淞沪会战。战役初期，日军于上海久攻不下，但日军进行战役侧翼机动，11月5日在杭州湾的全公亭、金山卫间登陆，中国军队陷入严峻形势，战局急转直下。
1937年11月8日蒋中正下令全线撤退，四天后上海失守，淞沪会战结束。上海被日本占领后，日军趁势分三路急向南京进犯。中国方面就此开始准备在上海以西仅300余公里的首都南京的保卫作战，由于下达撤退命令过于仓促，后方国防工事交接发生失误，随着日军轰炸机的大范围轰炸，撤退演变为大溃败，使北路日军主力一路顺利到达南京。中华民国首都南京处于日军的直接威胁之下。由于从上海的撤退组织的极其混乱，中国军队在上海至南京沿途未能组织起有效抵抗。
中国统帅部此时深感事态严重，在17日和18日三次开会讨论南京防御的问题。会议上多数将领认为部队亟需休整，而南京在军事上无法防御，建议仅仅作象征性的抵抗，只有唐生智以南京是国家首都、孙中山陵寝所在，以及国际观瞻和掩护部队后撤等理由，主张固守南京。蒋介石期望保卫首都的作战对纳粹德国的外交调停有利，并且以为能够等到苏联的军事介入采纳了唐生智的建议，决定“短期固守”南京1至2个月，于11月26日任命唐（阶级上将）为南京卫戍军司令长官，负责南京保卫战。副司令长则为罗卓英及刘兴。
根据坚守南京的决策，中国统帅部在12月初日军接近南京城之前共调集了约13个师又15个团共10万余人（一说约15万人）的部队保卫南京。这些部队中有很多单位刚刚经历了在上海的苦战和之后的大溃退，人员严重缺编且士气相当低落，而新补充的数万士兵大多没有完成训练。唐生智多次公开表示誓与南京城共存亡，对蒋介石则承诺没有命令决不撤退。为了防止部队私自过江撤退，唐生智采取了背水死战的态度。他下令各部队把控制的船只交给司令部，又将下关至浦口的两艘渡轮撤往武汉，还命令第36师封锁从南京城退往下关码头的唯一通道挹江门，这一“破釜沉舟”的命令给后来的悲剧性撤退埋下了隐患。
1937年11月20日，中国国民党政府发表《国民政府移驻重庆宣言》，政府机关、学校纷纷迁往内地，很多市民也逃离了南京。在6月有101.5万城乡居民的南京市，到了12月初的常住人口据估计还有46.8万至56.8万人，这还不包括军人和从前方逃亡到南京的难民。22日，本着人道主义精神留在南京的二十多位西方侨民成立了南京安全区国际委员会，他们提出在南京城的西北部设立一个给平民躲避炮火的安全区。29日，南京市市长宣布承认安全区国际委员会，并为安全区提供粮食、资金和警察。唐生智还承诺将部队撤出安全区。1937年12月5日，国际委员会收到日本政府模棱两可的回复，随即开始了安全区的工作。
1937年12月1日，日军攻占江阴要塞，同日，日军下达进攻南京的作战命令，南京保卫战开始。
1937年12月2日，江阴防线失守中国海军主力第一舰队和第二舰队在中日江阴海战中被全数击沉，作为南京国民政府唯一一道拱卫京畿的水上屏障失守。
1937年12月10日日军发起总攻，12月12日唐生智下达突围、撤退命令，中国军队的抵抗就此瓦解。
日本原本打算在上海附近消灭中国军队的主力，从而迫使中国国民党政府屈服。然而，日本上海派遣军在淞沪战场苦战三个月，受到了惨重的损失，日本决策层在是否直接进攻南京的问题上产生了分歧。因为顾虑苏联在北方的军事威胁，日军参谋本部次长多田骏等人主张“不扩大”战事。因此，11月7日东京将上海派遣军与第10军临时编组为华中方面军的时候，将方面军的作战区域限制在苏州、嘉兴一线（即“制令线”）以东。而日军战地指挥官却强烈要求进攻南京：15日，柳川平助的第10军无视参谋本部的命令，决定趁中国军队溃退“独断敢行”地“全力向南京追击”；22日，方面军司令官松井石根鼓动参谋本部放弃“不扩大”方针，称“为了使事变迅速解决，乘现在敌人的劣势，必须攻占南京”。11月下旬，日军上海派遣军和第10军全面越过“制令线”，分别沿着太湖的南、北两侧开始向常州、湖州进攻。鉴于前线进展迅速的既成事实，24日东京大本营废除了“制令线”，并在12月1日下达了攻占南京的正式命令。
进攻南京的作战开始后不久，疯狂前进的作战部队就把辎重部队抛在身后，由于日军原本没有深入内陆作战的后勤准备，部队立即面临着粮食供给中断的严重问题，日本军司令部于是下达了实际是要部队抢劫的“就地征收”命令。日军在抢劫中通常伴随着奸淫妇女的暴行，为了掩盖自己抢劫和强奸的罪恶，日军除了杀死受害人，经常放火烧毁整个村庄。
1937年12月8日，日军全面占领了南京外围一线防御阵地，开始向外廓阵地进攻。11日晚，蒋介石通过顾祝同电告唐生智“如情势不能久持时，可相继撤退，图整理而期反攻”。12日，日军第6师团一部突入中华门但未能深入，其余城垣阵地还在中国军队手中。负责防守中华门的第88师师长孙元良擅自带部分部队向下关逃跑，虽被第36师师长宋希濂劝阻返回，但已经造成城内混乱。下午，唐生智仓促召集师以上将领布置撤退。按照撤退部署，除第36师掩护司令部和直属部队从下关渡江以外，其他部队都要从正面突围，但唐生智担心属于中央军嫡系在突围中损失太大，又口头命令第87师、第88师、第74军和教导总队“如不能全部突围，有轮渡时可过江”，这个前后矛盾的命令使中国军队的撤退更加混乱。会议结束后，只有属于粤系的第66军和第83军在军长叶肇和邓龙光带领下向正面突围，在付出巨大代价后成功突破日军包围，第159师代师长罗策群战死。其他部队长官大多数没有向下完整地传达撤退部署，就各自抛下部队前往江边乘事先控制的船只逃离。这些部队听说长官退往下关，以为江边已经做好了撤退准备，于是放弃阵地涌向下关一带。负责封锁挹江门的第36师没有接到允许部队撤退的命令，和从城内退往下关的部队发生冲突，很多人被打死或踩死。12日晚，唐生智与司令部成员乘坐事先保留的小火轮从下关煤炭港逃到江北，此后第74军一部约5000人以及第36师也从煤炭港乘船过江，第88师一部和第156师在下关乘自己控制的木船过江。逃到下关的中国守军已经失去建制，成为混乱的散兵，其中有些人自己扎筏过江，很多人淹死、或是被赶到的日军射杀在江中。大部分未能过江或者突围的中国士兵流散在南京街头，不少人放弃武器，换上便装躲入南京安全区。13日晨，日军攻入南京城，开始了长达四十多天的南京大屠杀。
日军早在攻入南京之前就开始对南京周边地区的狂轰滥炸。1937年11月，日本陆军航空本部通过了《航空部队使用法》，其中第103条规定：“战略攻击的实施，属于破坏要地内包括政治、经济、产业等中枢机关，并且重要的是直接空袭市民，给国民造成极大恐怖，挫败其意志。”这是人类战争史上第一次明文规定可以在战争中直接以平民和居民街道为目标实施空袭，突破了战争伦理的底线。
1937年9月19日，日军第三舰队司令官长谷川清下令对南京等实行“无差别级”轰炸。一部分历史学家认为，这是更广义的南京大屠杀的起始日期。这一天，日本第三舰队司令长官长谷川清下令所属第2联合航空队（1937年9月10日刚刚从大连转场到新落成的上海公大机场）对南京市区进行“无差别级”轰炸。上午8时15分，警报声大作，江阴要塞瞭望台报告：大批敌机正自下游向江阴飞来！海军各舰炮手均各就各位。几分钟后，只见一个由33架敌机组成的庞大机群在3000米高度向西南飞去。
这天正是著名的“9·19空战”日，敌机被我空军第四大队击落4架，击伤1架。中国空军后来的传奇人物刘粹刚自此一战成名。9时20分左右，警报声又起，海军见1小时前西飞的敌机群正杂乱无章错落地返航，料定必是被我空军击败，便以排炮“欢送”。敌机惊魂未定，无心恋战，未发一枪，未掷一弹，均高速向东逃窜。下午2时30分，又传来警报声，见敌机28架，又在南京被中国空军击溃。这次，该机群未敢沿江飞行，绕开中国高射炮火有效射程返航。
大规模集体屠杀
进城兵力约50000人，执行军纪维持的宪兵却仅有17人的日军除了个别地或小规模地对南京居民随时随地任意杀戮之外，还对中国人，特别是解除了武装的军警人员进行若干次大规模的“集体屠杀”。大规模屠杀方法有机枪射杀、集体活埋等，手段极其残忍。
12月15日（日军占领第3天）：已放下武器的中国军警人员3000余人被集体解赴汉中门外用机枪密集扫射，多人当场遇难。负伤未死者亦与死者尸体同样遭受焚化。12月15日夜，押往鱼雷营的中国平民及已解除武装的中国军人9000余人被日军屠杀。又在宝塔桥一带屠杀3万余人。在中山北路防空壕附近枪杀200人。
12月16日（日军占领第4天）：位于南京安全区内的华侨招待所中躲避的中国男女难民5000余人被日军集体押往中山码头，双手反绑，排列成行。日军用机枪射杀后，弃尸于长江以毁尸灭迹。5000多人中仅白增荣、梁廷芳二人于中弹负伤后泅至对岸，得免于死。日军在四条巷屠杀400余人，在阴阳营屠杀100多人。
12月17日（日军占领第5天）：中国平民3000余人被日军押至煤炭港下游江边集体射杀。在放生寺、慈幼院避难的400余中国难民被集体射杀。
12月18日（日军占领的第6天）夜，下关草鞋峡。日军将从南京城内逃出被拘囚于幕府山的中国难民男女老幼共57418人，除少数已被饿死或打死，全部用铅丝捆扎，驱集到下关草鞋峡，用机枪密集扫射，并对倒卧血泊中尚能呻吟挣扎者以乱刀砍戮。事后将所有尸骸浇以煤油焚化，以毁尸灭迹。此次屠杀仅有伍长德一人被焚未死，得以逃生。大方巷难民区内日军射杀4000余人。
杀人竞赛
1937年12月13日，《东京日日新闻》（即现在《每日新闻》）报道两名日本军官的“杀人竞赛”。日军第十六师团中岛部队两个少尉军官向井敏明和野田毅在其长官鼓励下，彼此相约“杀人竞赛”，商定在占领南京时，谁先杀满100人为胜者。他们从句容杀到汤山，向井敏明杀了89人，野田毅杀了78人，因皆未满100，“竞赛”继续进行。12月10日中午，两人在紫金山下相遇，彼此军刀已砍缺了口。野田谓杀了105人，向井谓杀了106人。又因确定不了是谁先达到杀100人之数，决定这次比赛不分胜负，重新比赛谁杀满150名中国人。这些暴行都一直在报纸上图文并茂连载，被称为“皇军的英雄”。日本投降后，这两个战犯终以在作战期间，共同连续屠杀俘虏及非战中人员“实为人类蟊贼，文明公敌”的罪名在南京执行枪决。
据1946年2月中国南京军事法庭查证：日军集体大屠杀28案，19万人，零散屠杀858案，15万人。日军在南京进行了长达6个星期的大屠杀，中国军民被枪杀和活埋者达30多万人。
日军侵占南京期间强奸了成千上万的妇女，他们不分昼夜并在受害妇女的家人面前施行强暴。有些妇女被日军强奸了好几次，往往有妇女受不住日军的折磨而死。除此之外，日军还强迫乱伦行为。估计当时发生的强暴案可能超过20000宗。
中华民族在经历这场血泪劫难的同时，中国文化珍品也遭到了大掠夺。据查，日本侵略者占领南京以后，派出特工人员330人、士兵367人、苦工830人，从1938年3月起，花费一个月的时间，每天搬走图书文献十几卡车，共抢去图书文献88万册，超过当时日本最大的图书馆东京上野帝国图书馆85万册的藏书量。
抢劫和纵火造成严重财产损失。南京国际救济委员会的报告称：“南京31%的建筑被烧毁；店铺被毁比例更高；日军损毁及抢劫造成高达1亿法币的直接损失；南京周边公路沿线的农村地区被洗劫几尽，并陷入缺少种子、牲畜、劳力和工具的困境中，播种的粮食作物仅为平常年份的10%。
对于日军在全城纵火造成的严重后果，据国际委员会委员斯迈思所作调查统计：全市房屋，有24%毁于纵火焚烧；城外有62%的房屋被烧毁，通济门外被烧房屋高达78%；在江宁、句容、溧水、江浦和六合（半县）四个半县中，共有30.08万间房屋被毁，占这些地区房屋总数的40%，其中多数是被烧毁的。
1946年2月，南京调查敌人罪行委员会共获得500余份资料，其内容涉及日军在南京的屠杀、伤害、奸淫、劫夺、破坏、强制服役等及中岛、长谷川等29支日军部队罪行总数达295882种。
南京大屠杀案敌人罪行调查委员会从1946年6月起，至9月底全部完成，计有确实人证案件2784件，根据调查结果制成被害人伤亡统计表、侵华日军罪行各类统计表、可出庭作证被害人住址姓名表，撰写了南京大屠杀惨案述要，分别供远东法庭和南京国防部军事法庭，作为审讯日本战犯之证据。从调查罪行种类来看，其中枪杀1159件，用刺刀刺杀667件，集体屠杀315件，拉夫285件，烧杀136件，打死69件，先刑后杀33件，先奸后杀19件，炸死19件，强奸16件等。从受害者性别来看，男性死伤及生死不明者计2292件，女性死伤及生死不明者计478件，性别不明者计14件。在个案调查方面，该委员会提供了较为典型的10名受害者的案例，除庄少德案同南京大屠杀没有关联外，其他9人如柏鸿恩、李秀英、殷有余等均为大屠杀受害者。
1.1938年3月，汉口的美国刊物提到：“到目前为止，南京的日军至少杀害了8万中国人。”1938年4月魏特琳的记录为：南京的慈善组织红十字会从1月中旬到4月14日，在城区掩埋1793具尸体，其中80%是平民；在城外，掩埋39589具尸体，约2.5%是平民。“
2.日本外相广田弘毅1938年1月17日在向日本驻美使馆发出训令时，转引英国记者田伯烈的电讯稿。30万”首次出现在历史文献中。
3.远东国际军事法庭判决书认定：“被占领后的第一个月中，南京城里发生了将近2万起强奸案。”“在日军占领后的最初六个星期内，南京城内和附近地区被屠杀的平民和俘虏的总数超过20万人以上。”
4.南京国防部军事法庭认定：在南京大屠杀中，被害总数共30余万人。
5.1946年2月15日成立的南京审判战犯的军事法庭认定：日军在南京集体屠杀有28案，屠杀人数为19万余人；零散屠杀有858案，尸体经慈善机构掩埋有15万余具。根据该判决，侵华日军南京大屠杀的人数不低于34万。
6.1946年2月17日，上海《大公报》第二版，标题是《南京大屠杀案首期调查工作结束惨死同胞约三十万》，调查委员会并分函各社团扩大宣传，再鼓励人民赶快举发。
7.据统计，国际红十字会在南京城内外掩埋尸体总计43121具，南京红十字会收埋22371具，慈善机构崇善堂收埋112267具，慈善机构同善堂共埋尸7000余具，鸡鹅巷清真寺王寿仁以“南京回教公会掩埋队”名义掩埋回族尸体400余具。仅此5个慈善团体收埋尸体就达18.5万余具。
8.据中国第二历史档案馆收藏的《战犯谷寿夫判决书》，谷寿夫案共记录集体屠杀28案，零散屠杀858案，无辜军民被日军残杀有案可查者达886起。其中，仅发生在中华门区域的就有378案，占零散屠杀案的43%。向井敏明、野田毅一案的判决书也提及屠杀遇害者有30余万人：被俘军民遭集体杀戮及毁尸灭迹者达19万人以上，被零星残杀尸骸经慈善团体掩埋者达15万人以上。
1938年2月中旬，南京国际救济委员会委托原南京安全区国际委员会秘书、金陵大学美籍社会学教授史迈士对南京市区、郊县民众在日军暴行中人口伤亡与财产损失情况进行调查统计。调查工作从1938年3月上旬起至6月中旬止。根据家庭抽样调查，留宁市民财产损失约合法币4000万元，其中房屋损失约1300万，占损失总值的32.5%；动产损失约2700万，占损失总值的67.5%。南京市民私人财产损失约合法币2.46余亿元，其中房屋损失约1.03亿元，占损失总值4.9%；动产损失1.43余亿元，占损失总值58.1%。
1938年9月伪督办南京市政公署根据市民呈报，上报伪维新政府内政部一份有关南京灾民状况的统计报告。该报告统计灾前南京户口数为164476户，灾后户口数为76369户，留宁户数仅为战前南京总户数的46%，被炸房屋及财产损失已达5730万元，平均每户损失750元。
截至1944年6月，根据国民政府主计处统计局所编制的损失统计资料显示，抗战以来南京公私财产直接损失仅62951521元，其中南京市住户（市民）损失不过47080元，只占财产直接损失的0.1%。
1945年12月23日，南京市抗战损失调查委员会分别在《中央日报》、《和平日报》登载公告，呼吁民众踊跃申报。至1946年4月10日止，各部门填报送会者计9378份，其中人口伤亡表1192份，财产损失单8186份；死亡1585人，受伤30人，房屋32509间（未注明间数261幢），其中乡区房屋占40%，城区占60%。
2014年9月，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆发布“南京大屠杀死难者遗属登记”阶段性成果。已征集登记1513名南京大屠杀死难者遗属，他们来自全国各地和海内外的272个家庭，年龄最大90岁，最小只有3岁。纪念馆呼吁希望更多遗属前去登记。据不完全统计，截至2014年12月，在世的幸存者仅剩100多人。已有272个家庭共计1513名死难者遗属登记，采集了175名遗属的签名和手印。
截至2020年4月22日，南京侵华日军受害者援助协会登记在册在世的南京大屠杀幸存者，仅剩74位。
《拉贝日记》、《魏特琳日记》、程瑞芳日记、贝德士声明书、《日军侵占南京目睹记》、《东史郎日记》、《高岛市良日记》、《小原孝太郎日记》、会攻南京的日侵略军第十六师团师团长中岛今朝吾的日记等、《朝日新闻》记者本多胜一的著作《中国之旅》。
1930年代英国《曼彻斯特导报》驻华记者田伯烈1938年初撰写了《外人目睹中之日军暴行》一书，第一次向世人完整公布了日军南京大屠杀的真相，痛斥日军制造了“现代史上破天荒的残暴记录”。
1937年12月13日，《东京日日新闻》报道了日军“片桐部队”的向井敏明、野田岩两名军官在南京紫金山一带进行杀人比赛的消息。
1937年12月18日，《纽约时报》记者蒂·德丁发自南京的首篇报道《屠戮意味着占领南京-俘虏全部被杀》，指责日军“大规模的抢劫，对妇女施暴，杀戮平民，把中国老百姓从家中赶出来，大批处死战俘与强迫征集壮丁，把南京变成恐怖城市。”公开揭露了日军的暴行。
1937年12月28日，上海英文报纸报导侵华日军在南京集体大屠杀中说：“城内无辜居民的尸体铺满了街道。靠江边的城门口，尸体堆成山，高及一米。汽车和载重汽车来来往往在尸体上面走过”。
1938年1月至5月间，《新华日报》刊发了十多篇关于南京大屠杀的报道，其中3月9日的报道以“日寇在南京兽行”为题，系统揭露了日军在南京杀、烧、淫、掠的野蛮行径。
1943年10月1日出版芙蓉《画刊周报》记载了侵华日军南京大屠杀暴行。
南京的美国民间人士与其他西方国家人士在报告、制止日军暴行，救助中国民众的过程中，即时做了大量记录，并收集一些中国人士的目击证言，结集为《南京安全区档案》，1939年由燕京大学教授徐淑希编译出版。该书收录69个文件，其中包括安全区委员会与日本使领馆人员、伪南京自治委员会等交涉的信件文书；安全区委员会请求美、德、英外交官协助对日交涉的报告；安全区委员会管理的难民所状况备忘录；1937年12月15日到1938年2月7日发生在安全区和附近地区的444个日军暴行案例。
李秀英，怀着7个月身孕，与3个日本兵搏斗身中37刀，在鼓楼医院收治并留下了影像资料。她并赴日本进行对日索赔诉讼，在审讯期间逝世。
夏淑琴，全家9口人被杀7口，她被刺伤后从死人堆里爬出。
姜根福，（1929年12月20日-），弟弟被日本兵摔死，母亲因为反抗强奸而被开枪打死，父亲被抓走，二姐因反抗强奸被刀劈死。
崔金贵，亲眼见慈善团体崇善堂的收尸埋尸过程，并确定崇善堂在埋尸时有计数。
尚德义，1937年12月6日上午11时被日军抓获，同时与1000名以上的中国男子一起被机枪扫射，绝大多数当场死亡。他由于被尸体压住晕倒而幸免于难。
伍正禧，在南京新华巷62号避难时，其二哥伍正保、大表哥云馆、三表哥三云、表叔老王被抓走并枪杀。祖父被刀捅死，30岁的表娘被强奸。邵翰珍，父亲邵锦晴、祖父邵才潮和舅舅任发和被日军枪杀。
皇甫泽生，保卫南京的一个士兵。被日军俘获后与几百人一起，在板桥镇一个山沟里集体被日军用机枪射杀。日军在射杀后再用刺刀捅死幸存者。他和另一个重伤难友为仅存者。
孟宪梅，在淌水沟接水时，亲眼看到日军用多辆卡车把老百姓押到汉中门新桥桥口下面用机枪射死。
陈光秀，在南京汤山镇许巷村，父亲被枪杀，包括弟弟在内的村里100多个年轻人被刺刀刺死。艾家四兄弟被扔到天空摔死。多名女性被强奸。母亲因为父亲和弟弟被杀导致忧郁而死。
刘文静，大方巷广场集体屠杀（一百多人）见证人。
天津工商银行退休职工、南京大屠杀幸存者刘钟铭当年在南京一家商铺当学徒，说道：“日本鬼子进城后见人就杀，城里到处都是尸体，载着日本兵的汽车就从尸体上开过去。那个惨景，我一辈子也忘不了。
美国牧师约翰·马吉1937年用一架1930年代的老式16毫米摄影机、拍摄记录了迄今唯一的南京大屠杀影像，共四盘放映长度达105分钟的电影胶片（2001年约翰·马吉的儿子大卫·马吉亲自将它捐赠给侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆）。
2019年12月13日，美国纽约纪念南京大屠杀受难同胞联合会三任会长邵子平、陈宪中、姜国镇，捐赠了美国牧师约翰·马吉影像“37分钟”版“一寸盘”。“37分钟”版影像新增受害者个案10例，是已发现的各种马吉影像版本中，反映侵华日军南京大屠杀暴行最为全面、内容最为丰富的版本。
34万中国无辜的男女老少死于日军的屠刀之下，几十亿美元的财产遭到日军的破坏和掠夺，这样滔天罪行和暴行当然每个直接犯罪者都负有法律和道德的责任。
随军记者小俣行男的报导：“不强奸的士兵几乎没有。”另有《每日新闻》社的记者铃木二郎出席“东京审判”为“南京百人斩竞赛”作证明时说：“在城内扫荡残留的中国军人。如果捉到军官，就绑在杨柳树上，教新兵射击及劈刺的方法当活靶；士兵被捉了，就让他坐在坑前砍头。我是二等兵，只用刺刀刺中国兵。”世人多熟知的两位“杀人竞赛”日军向井敏及野田岩两少尉在入句容县城（距南京20公里）时即分别杀死我无辜平民78和89人，当两位抵达南京城外紫金山时，已分别杀至105和106人之数，但两人相约杀至150人为止。这两位“杀人魔鬼”的竞赛为东京报纸所赞扬，称之为勇士。但“杀人竞赛”之主凶为田中军吉大尉，以其“宝刀”砍死中国人300余人，惜尚未为世人所周知。
“南京大屠杀”不是孤立现象，日军在华暴行，屠杀和奸淫并未因“南京大屠杀”使举世震惊抗议而终止，或真正收敛。
日军以严格纪律、打骂、生活干扰、个人尊严之摧残，呆板的阶级制度造成无条件的服从，使下级或士兵接受任何命令，不仅来自上级或直接发号施令者，更认为所有命令皆来自大帝国的最高峰，最高统帅天皇本人。日本之残酷和轻生与其地理环境、文化、及封建制度也是不可分的。“大和魂”（日本民族精神）的思想灌输了每个士兵，培养其使命感及为“大和民族”的自负感。中国受帝国主义数十年之凌辱，尤其是甲午战争，使日本人对中国人普遍轻视。30年代，日本以纳粹希特勒为师，增强大和民族的优越感。在“南京大屠杀”中，很多日军官兵称中国人为“清国奴”，任意杀戮。
马吉与田伯烈在东京审判作证时，都认定大屠杀系在南京战地指挥官与东京统帅师部完全知悉与同意下进行的。贝德士在作证时更说：“在这秩序混乱的七个星期中，我们一次也没有看到或听到过惩办这些士兵犯罪行为的情况，更谈不上有人受到处分了。”按着上述东京审判所获的日军命令所说：“如果将参加过战争的军人一一加以调查，大概全部是杀人、抢劫、强奸的犯人”，则20万进入南京的日本官兵从上到下几乎全是犯人，应对“南京大屠杀”负责。但是，日军是层层节制，阶级服从，迄止日本战败，维持不变。
中外学者对于“南京大屠杀”的命令来源多追溯至1932年上海事变祸首之一，后任日本陆军部军务局长田中隆吉少将，在其1948年东京新风社出版之《被割断的历史：战败秘话》中所作的回忆。于1938年4月曾在朝香宫指挥下的“上海派遣军”任情报主任参谋的长勇中佐（后调任第七十四联队长晋升大佐），对田中夸口说，是他擅用军司令官的名义下令屠杀俘虏：“由于在杭州湾登陆的柳川兵团推进神速，大约有三十万中国兵被切断了退路，他们丢下武器，向我投降。要处理这么多俘虏，粮食方面是个最大的问题。我立即擅自向所属各部队发出命令：应全部杀掉这些俘虏。我利用军司令官的名义，通过无线电讯传达了这项命令。命令的全文，当即烧毁。由于这一命令，大屠杀开始了。”我们对田中和长勇的话实在难以相信。以区区中校竟敢擅自代上海派遣军司令官发令，而且是口头命令，恐在任何有组织有纪律的军队都不可能，何况可谓当时世界上最讲阶级服从的日军。
另据第十六师团一位炮兵观察班长泽田正久的证言：“俘虏数目一万左右，遂报告军司令官，司令部命令立刻予以枪决。”这个命令显然来自上海派遣军参谋长饭沼守，因为泽田还批评他说：在五个月前在东京听饭沼演讲时，他还讲应该善待俘虏，今却说：“应立即予以枪决”。参谋长是幕僚，为主官出谋划策，处理日常工作，如此关系成千上万的俘虏的生命问题，他既无权也不敢擅自处理。参谋长当然可以代主官下达命令，可是处理这样重大问题绝不能作主。
军司令官朝香宫鸠彦王为日皇裕仁的叔父，于1937年12月2日始被日皇任命继松井（晋升为华中方面军总司令官）为上海派遣军司令官，而于12月5日赶至前线就职，他势必与各师团长经常以电话电报联络，就近指挥。另据第十六师团第三十八联队副官儿玉义雄的回忆：“当联队的第一线接近南京城一、二公里，彼此正在混战时，师团副官以电话说是师团命令：‘不能接受支那兵的投降，并予以处置。’……师团长中岛今朝吾这个命令我实在无法接受，我曾对参谋长及其他参谋建议过几次，但未能获得其同意，所以我也有责任。”
第三十八联队长助川静二大佐在证言中说，屠杀俘虏的命令是师团长所下的。中岛师团长在其1937年12月13日的日记说：“因采取大体不留俘虏的方针，故决定全部处理（屠杀）之，据知仅佐佐木部队就处理掉约15000人，守备太平门的一中队长处理掉1300人，现集中在仙鹤门附近的，约有七千到八千人，而且俘虏还在不断来降。”
上海派遣军的第十三师团属下之山田支队（即第六十五联队）于12月14日在南京东北幕府山附近获得中国俘虏14000余名。经山田少将支队长上报请示处理办法，军部三次向东京大本营军部请示，第三次复电为“按照军司令部的责任去干”，遂有朝香宫司令官及师团长所下达的一连串“处理掉”的命令，该批俘虏延至19日上午始动员予以全部杀掉。
“南京大屠杀”中杀我军民最多的是第十六师团。其次是第六师团。第六师团是属于自杭州登陆的第十军。其军司令官是日军皇道派，支持1936年“二二六”政变的三将领之一的柳川平助中将（1879年——1945年）。他在杭州湾登陆的演说中曾说：“山川草木都是敌人。”该军“军参谋长的注意”有“对支那老百姓的注意”一项：“在华北尤其是上海方面的战场，一般支那老百姓，纵令是老人、女人或者小孩，很多干敌人的间谍，或告知敌人以日军的位置，或加害于日军的单独兵等等，有这样的实例，故不能粗心胆大，需要特别注意，尤以后方部队为然。如果发现这些行为，不得宽恕，应采取断然处置。”
柳川第十军的随军记者乃说：柳川兵团的进攻之所以如此迅速，是因为在官兵之间有“可以任意掠夺、强奸的暗默谅解。”柳川麾下的第六师团，其师团长谷寿夫中将为中国军事法庭因“南京大屠杀”而判处死刑的最高将领。他本人就是罪魁。
如同第十六师团长中岛，谷也亲自用军刀杀人，他本人强奸中国妇女十余人。第六师团的随军摄影记者河野公辉曾在该师团司令部看到一份上级传达的命令：“不容许共产主义的暴虐，为粉碎共匪的猖獗活动，农民、工人自不待言，直至妇女儿童皆应杀戮之。”难怪该师团进入南京后，立即屠城。“南京大屠杀”时期的侵华日军最高统帅松井石根大将，于战后经东京审判以“南京大屠杀”罪行责任，与东条英机等七人被处绞刑。
松井于1937年12月7日发出“南京城攻略要领”之作战命令：即使守军和平开城，日军入城后也要分别“扫荡”。对战俘问题未提只字。在“扫荡”的名义下，不仅可屠杀战俘和散兵（日军称之为“败残兵”或“便衣兵”），亦可屠杀平民。南京沦陷第三日（12月15日），松井再发出作战命令：“两军（上海派遣军和第十军）在各自警备地区内，应扫荡败残兵，收集隐匿之武器与军需器材，扫除战场。”所谓“扫荡败残兵”，意即屠杀战俘与散兵。松井和各师团长的“不要接受俘虏”，“枪毙俘虏”，甚至“难民”的命令已昭然若揭。
日本上海总领事馆获悉日军在南京的暴行，并报告东京外交部。该部东亚局长石射猪太郎在其1938年1月6日的日记中写着：“上海来信，它详报日军在南京的暴行、掠夺、强奸，惨不忍睹。呜呼！这就是皇军？”“这就是‘圣战’和‘皇军’的真面目！”
日本重大问题之最后决策均操于天皇之手。裕仁对进攻南京极为重视，支持军部及内阁之主战派，扩大对华侵略战争，密切注意南京战事之进展，何况十天前他才派他的叔父朝香宫接任上海派遣军司令官。翌年2月26日，裕仁亲自召见松井石根、朝香宫及柳川平助，对于他们之攻克南京，予以嘉勉，并各赠一对镶皇家菊花的银瓶为奖。毋庸置疑的，裕仁对南京大屠杀的责任远超过这三位受奖的现行战犯。
朝香宫鸠彦王是日本天皇裕仁的“皇叔”，是南京大屠杀真正的罪魁祸首。早在1926年12月裕仁登基前，朝香宫兄弟三人就成为裕仁组织的好战小集团的骨干分子。长兄东久迩宫常驻伦敦，二兄北白川与朝香宫常驻巴黎，定期向裕仁报告英、法对日本军国主义扩张的反应。后朝香宫与北白川驾车时发生车祸，北白川当场撞死，朝香宫一条腿粉碎性骨折。1936年2月26日，日本少壮派军人发动兵变，因朝香宫吁请天皇裕仁赦免政变军官，被裕仁认为危急时刻态度不当，将他从皇室成员名单中剔除，好战的朝香宫从此失宠。
1937年12月1日，日军开始进攻南京。此时上海派遣军司令官松井石根结核病发作，卧床而不能主持军务。次日，日本大本营任命朝香宫以陆军中将衔接替松井职务。5日，朝香宫抵达南京前线司令部，立即听取第10军司令官柳川平助、16师团长中岛今朝吾等人的战况报告，尤其听中岛今朝吾谈到中国军队经过最初接触谈判后没有投降意愿时，责令部下尽快攻陷南京。在12日南京沦陷前，朝香宫即发出一连串由他本人亲自盖章签署的命令，上面均标有“机密·阅后销毁”字样，但命令的内容却简单而明了：“杀掉全部俘虏！”由于有朝香宫十分明确的命令，日军在南京大开杀戒。
中岛今朝吾所部在乌龙山、幕府山炮台附近俘虏中国士兵14777名，全部被惨无人道地“处理”，这个数字是日本记者的统计，但远东国际军事法庭判定为57400余人，这个数字除了教导总队等战俘18000余人，还包括了从南京城里逃出聚于幕府山西南的平民四万余人。随后柳川平助及其日本9个师团也开始在各地屠杀。朝香宫又委任中岛为南京市区警备司令，在城内大肆屠杀。
1946年2月，中国国防部战犯审判军事法庭(南京军事法庭)根据证据，判定被屠杀人数为30万人，故此对直接当事人谷寿夫等四人判处死刑。1948年，远东军事法庭以当时能够确认的证据判定被屠杀人数不少于20万，其中裁定：“日方占领南京市的两三天里，至少导致12000名中国非武装青少年死亡”、“在实施占领的最初六周内，在南京及其周边遭到杀害的老百姓和俘虏总人数，据认为在20万人以上”。因而不仅判处松井死刑，时任日本外相广田弘毅也被认定承担责任而被判处死刑。
日本著名学者藤原彰、小野贤二等经过研究认定被屠杀人数为15万至20万，南京大屠杀在朝香宫的命令下，自1937年12月集体屠杀一直延续到1938年2月的小股屠杀，时间长达三个月！据中国南京军事法庭调查表明：共有19万人死于日军28宗集体屠杀，15万人死于858小股和零星屠杀！这历史上最残忍的血腥屠杀，完全出于朝香宫的一道命令，他是南京大屠杀真正的元凶和首犯。而且，后来的档案证实，朝香宫不仅下令屠杀战俘，“有444宗谋杀、集体屠杀、强奸、纵火和抢劫案被证明与朝香宫有关。
20世纪80年代后期，日本国内右翼和一些官方人士掀起一股否认南京大屠杀存在和篡改日本侵华罪行的逆流。2007年12月8日，日本《产经新闻》头版头条文章居然胡说《大屠杀是蒋介石的虚构》。国际上对南京大屠杀惨情一直不断补充证据，追查责任。但却往往忽略了日本天皇裕仁及其皇室成员发动二战的罪责，特别是发动侵华战争和南京大屠杀的罪行。中国对于南京大屠杀从来没有停止过史料的搜集，2005年江苏人民出版社出版28卷《南京大屠杀史料集》，2007年12月又出版29至55卷近3千万字的史料。
裕仁在第二次世界大战和侵华战争中所扮演的角色并非如日本右翼为其开脱时所说的那样是“被动”，他是日本三军的最高统帅。在整个战争期间，他出席所有重要的军事会议，发布一系列命令，这已被无数铁一般的史料所证明。他于1937年8月15日，亲自在皇宫召见松井石根，任命他为上海派遣军总司令。在松井石根率部西进南京时，“裕仁在皇宫里建立了他的帝国最高指挥部来监视所有重要战场。这个指挥部，政治家们，甚至首相也都是被排斥在外的”。为了更加紧控制军队的动作，裕仁又速派朝香宫接替松井为上海派遣军司令。裕仁对南京大屠杀非常了解，1938年1月，裕仁的表弟、驻德国代表贺阳宫邦宪访问南京，归来向裕仁报告南京惨状，裕仁无动于衷。他的胞弟三笠宫崇仁亲自向他报告南京日军暴行，他亦并未予以干预和制止。
1938年2月12日，朝香宫回国复命，裕仁就在皇宫接见并对他的屠城“战绩”大加赞赏，特赐雕有日本皇室菊花纹徽的银质花瓶一对，以示褒奖且因“战绩”恢复朝香宫的皇室身份。他的军衔也因屠杀“有功”而被晋升为大将。在此之前，裕仁闻听朝香宫率军攻陷南京，曾向日本大本营参谋总长、也是他叔父的闲院宫亲王谈到，对朝香宫在南京的行动异常满意。闲院宫据此向朝香宫发出贺电：“战绩卓著，史无前例”。此后，朝香宫与裕仁的关系更加密切，经常会晤，也一同打高尔夫球。2月26日，裕仁同时接见了南京屠城的两个元凶松井石根、柳川平助，对他们攻克南京，予以嘉勉，也各赠一对皇家菊花纹徽银瓶以示褒奖。
日本投降后，为逃避审判，裕仁首先将原来委以重要军职的皇室成员调离军职，并与麦克阿瑟会晤后，最终获得美国政府“不得审判天皇及皇室成员”的承诺。南京大屠杀的首犯朝香宫最终得以逃脱极刑，逍遥法外，终日以高尔夫球自娱，以94岁高龄于1981年4月12日死去。
1937年12月13日，日军占领南京，随之而来的是30万中国同胞惨遭杀害的灾难，武藤章是制造这场灾难的罪魁祸首之一。关东军侵略东北期间，为了达到分裂中国并侵占绥远的目的，策划了德王成立伪“蒙军政府”事件，但因中国军队傅作义部发动绥远抗战，德王失败。武藤章参与了绥远事件的全部过程，并出面善后，指挥德王后撤以保存实力。1937年，武藤章调任关东军参谋部第三课课长，负责制定作战计划、建立兵站、组织兵员等。
武藤章是“扩大派”主要成员，坚决主张立即扩大侵华战争，不仅向华北，同时向青岛和上海出兵。最后，武藤章等人的意见占了上风，日本的侵略战火很快在中国大地蔓延。武藤章也因提出扩大侵华战争计划，得到参谋本部的赏识，破例让其赴皇宫晋谒天皇。
武藤章不仅提出扩大侵华战争的主张，而且身体力行，成为扩大侵华战争的先锋。“八·一三”事变后日军进攻上海，但遭到了中国军队的顽强抵抗，并未达到速战速决的目标。于是，武藤章又提出派兵在杭州湾登陆的建议。他的建议得到采纳后，日军攻占上海的计划得逞。因献策有功，他被任命为华中方面军副参谋长。武藤章就任新职后，又提出立即进攻南京的建议。1937年12月1日，日本大本营采纳了他的建议后下达进攻南京的命令。
中国第二历史档案馆在整理档案时发现：南京大屠杀发生后，国民政府即公开进行了强烈谴责，并于1937年12月至1938年3月间分别派人赴美国纽约、英国伦敦及日本东京，全方位开展了揭露日军南京大屠杀真相的行动。其中，1938年初春秘密派遣人员赴日揭露南京大屠杀真相，是二次大战中绝无仅有的在敌国首都宣传的范例。
国际宣传处派遣到上海等地的秘密工作人员，在1938年年初，“转辗觅得”了日军自行拍摄的记录其南京大屠杀等暴行的照片多套，送往武汉总部
1938年3月，秘密组织、派遣四位国际友人赴日本东京等地，用各种宣传形式，向在东京的各国有关人士与日本有关人士揭露日军南京大屠杀暴行的真相。按照国际宣传处的策划与安排，三名日籍基督徒分别携带由英、美等外籍侨民与记者所撰写的关于日军南京大屠杀暴行的新闻报道、文章、信件、日记等材料，以及多套日军自行拍摄的记录其南京大屠杀暴行的照片；莫瑞尔·莱斯特小姐则携带从美国传教士费奇那儿借得的、由马吉牧师秘密拍摄的记录日军南京大屠杀暴行的电影纪录片《南京暴行纪实》的一套拷贝。国际友人从上海出发，到日本东京后，分别在各国驻日使领馆人员与外国记者中，在日本的一些政党、社团、工商、宗教等各界人士中，散发上述的日、英文字宣传品与照片，放映上述的记录电影，并进行口头宣讲。根据战后日本一家半官方的电视台的搜寻，当时曾经看过由马吉拍摄的电影纪录片的日本人只有七个人。不久，莫瑞尔·莱斯特被劝告立即停止放映这部纪录片
国际宣传处将这些日军官兵自拍的恐怖杀人的多幅照片，作为日军南京大屠杀暴行的铁证，翻拍传播，与文字记录相互印证，刊载到于1938年7月出版的田伯烈英文著作《战争意味什么：日军在华暴行》的中译本《外人目睹中之日军暴行》一书。
1938年6月中旬，国际宣传处的翻译工作完成，中文译本定名为《外人目睹中之日军暴行》。国际宣传处特地邀请担任军委会政治部第三厅厅长的著名文化人士郭沫若为中译本作序。为了向全世界有效地揭露日军侵华暴行，包括南京大屠杀暴行，“国际问题研究委员会”组织著名的专家徐淑希先后编写出三本揭露日军侵华暴行的英文论著：《日本人的战争行为》、《日本人战争行为要论》与《南京安全区档案》。
1938年7月，中国国民政府军委会政治部编辑出版的《日寇暴行实录》画册，就有多张由日军自拍的照片，作为南京大屠杀的罪证公布。
2014年2月，南京市下发通知明确“南京大屠杀史档案”申报世界记忆遗产，申遗工作由市申遗工作办公室总负责，由市档案局和侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆牵头。同时，南京市档案馆首次向媒体公开了一批珍贵档案，这批档案形成于1937年至1947年，共183卷，详细记载了侵华日军在南京制造大屠杀惨案的罪恶事实和日军侵占南京期间犯下的大量罪行。
183卷档案分为大屠杀暴行、掩埋尸体、市民呈文、南京安全区国际委员会、设立慰安所等方面，都是民国南京市政府留下来的。大部分为原始件，为“孤本”、“珍本”，不仅具有独特性，而且具有稀有性。
2014年6月12日，联合国教科文组织确认已经收到了中国将日本强征慰安妇和南京大屠杀档案列入世界记忆名录(“世界记忆”计划)的申请。
2015年10月4号到6号，联合国教科文组织世界记忆工程咨询委员会在阿布扎比召开会议，审议南京大屠杀申遗。此次申遗提交的南京大屠杀档案资料还包括，中国第二历史档案馆珍藏的“南京审判日本战犯军事法庭京字第一号证据”的16幅日军暴行的照片；“金陵女子文理学院舍监程瑞芳女士记载南京大屠杀事件的日记”，以及侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆珍藏的南京国际安全区委员、美国牧师约翰·马吉拍摄的有关南京大屠杀实景的原始胶片及摄影机。
联合国教科文组织在官方网站上公布了2015年最新入选“世界记忆名录”的项目名单。在总共47个入选项目中，中国申报的南京大屠杀档案榜上有名，但另一份慰安妇档案遗憾落选。
据联合国教科文组织官方网站显示，中国提交的南京大屠杀档案共分三部分，分别包括1937年至1938年，日本侵略军占领南京期间大肆杀戮中国军民和平民的档案；1945年至1947年，对日本战犯调查和审判的档案；以及1952年至1956年，中华人民共和国司法机构提供的文件。
2014年2月25日，十二届全国人大常委会第七次会议审议全国人大常委会关于确定中国人民抗日战争胜利纪念日的决定草案和全国人大常委会关于设立南京大屠杀死难者国家公祭日的决定草案。
2014年2月27日，中国十二届全国人大常委会第七次会议表决通过决定，将12月13日设立为南京大屠杀死难者国家公祭日。中国以立法形式设立南京大屠杀死难者国家公祭日，表明中国人民反对侵略战争、捍卫人类尊严、维护世界和平的坚定立场。
2017年2月2日，加拿大安大略省议会正审议将每年12月13日设为南京大屠杀纪念日的法案。报道称，虽然当地的日本文化会馆发起反对法案的签名征集活动。
2017年10月27日，加拿大马尼托巴省议会通过把每年12月13日设为该省“南京大屠杀纪念日”的议案。
为了纪念这场震惊世界的惨案，1985年，南京人民在当年日军集体屠杀中国人的现场遗址之一的江东门建立了一座侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆，并在展厅陈列了大量的资料、文献、图表、照片和实物，揭示了侵华日军占领南京后杀、烧、淫、掠的种种暴行。此外，还在其他屠杀现场如燕子矶、草鞋峡、中山码头、汉中门等遗址及遇难同胞尸骨丛葬地中华门外等处，建立了15块纪念碑。
2007年12月13日上午10点，凄厉的警报声响彻南京城上空。中央和国家有关部门、省市的各界代表，驻宁部队代表，以及专程来宁的外国友好人士，在侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆集会广场行“悼念侵华日军南京大屠杀30万同胞遇难70周年暨纪念馆扩建工程竣工仪式”。
2014年12月13日是首个南京大屠杀死难者国家公祭日。国家公祭仪式在侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆举行。中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平出席仪式。
2015年12月13日，7时整。在南京大屠杀死难者国家公祭仪式举办地——侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆内，进行升国旗和降半旗仪式。纪念馆广场中央巨大黑色“灾难墙”墙上，映衬着“南京大屠杀死难者国家公祭仪式”白字。中国第二次以国之名义祭悼南京大屠杀死难者同胞。
2018年10月18日，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆为最近去世的南京大屠杀幸存者张兰英、沈淑静举行熄灯、悼念仪式。
2018年12月9日，由加拿大多伦多当地华侨华人筹资修建的南京大屠杀遇难者纪念碑在加拿大多伦多揭幕。
“南京大屠杀并不存在，一切都是正常的战争伤亡。”这是多年来日本右翼分子对侵华日军南京大屠杀暴行的辩解之词。
2012年，因日本名古屋市长河村隆之发表关于南京大屠杀的不当言论，南京市与名古屋市正式断交。
2014年12月，日本政府曾通过外交渠道表示：“这不符合日本的见解。具体的受害者人数难以认定。”
2015年1月14日，针对中方去年12月13日在国家公祭仪式上称1937年南京大屠杀导致“30万同胞惨遭杀戮”一事，日本政府当月向中方“提出交涉”，表示这一人数“不妥当”。
已故的美核袭广岛领航员西奥多·范·科克少校评论：“日军在巴丹死亡行军、南京大屠杀和偷袭珍珠港时何曾考虑过道德？”
事实上，有关南京大屠杀历史，中国外交部发言人曾多次重申，南京大屠杀是日本军国主义在侵华战争中犯下的残暴罪行，铁证如山，国际社会对此早有定论。
日本国内极少数人试图抹杀、掩盖、歪曲这段历史，是对国际正义和人类良知的公然挑战，与日本领导人开历史倒车的错误行径一脉相承，应引起国际社会高度警惕。中方严肃敦促日方正视和深刻反省侵略历史，以负责任态度妥善处理有关历史遗留问题，以实际行动取信于亚洲邻国和国际社会。
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