自1988年成立以来，南京大学商学院逐步形成了多学科协调发展的格局，目前设有经济学院和管理学院，其中经济学院有经济学系、国际经济贸易系、金融与保险学系、产业经济学系4个系以及人口研究所，管理学院有工商管理系、会计学系、营销与电子商务系和人力资源管理学系4个系。全院拥有本科专业11个，硕士点（含MBA，EMBA，MPAcc，国际商务，金融，审计）17个，一级学科博士学位授权点3个（理论经济学、应用经济学、工商管理），二级学科博士点12个，博士后流动站3个（理论经济学、应用经济学、工商管理），国家重点学科2个（政治经济学、企业管理），国家重点培育学科1个（世界经济），国家级基础学科人才培养基地1个（经济学），教育部人文社会科学重点研究基地1个（南京大学长江三角洲经济社会发展研究中心），国家级协同创新中心1个（参与南开大学牵头的“中国特色社会主义经济建设协同创新中心”），首批江苏省高校协同创新中心1个（牵头成立建设“区域经济转型与管理变革协同创新中心”）。国家级教学团队1个，教育部长江学者创新团队1个。

南京大学商学院拥有一支学术水平高、影响力大、年富力强的师资队伍。全院教师176人，其中教授71人，副教授56人，助理教授24人。国家有突出贡献的青年专家2人，南京大学人文社科资深教授2人，南京大学文科荣誉资深教授1人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授7人，国家级教学名师3人，享受国务院特殊津贴专家15人，教育部“跨世纪优秀人才培养计划”2人，人事部、教育部“百千万人才工程”4人，教育部“新世纪优秀人才培养基金”15人，国家自然科学基金优秀青年基金项目获得者1人，国家“万人计划”教学名师1人，“万人计划”哲学社会科学领军人才2人，“万人计划”青年拔尖人才1人。

1902年三江师范学堂时期，开设商科课程。

1917年南京高等师范（1915-1923）设商业专修科。南京大学的前身中央大学和金陵大学均设有经济系。

1952年7月南京大学与金陵大学合并，进行院系调整，经济系科调至复旦大学。

1978年南京大学恢复经济系。

1986年成立管理学系。

1988年5月成立南京大学国际商学院，下设经济学系、工商管理系、国际贸易系、经济决策系4个系和人口研究所、经济技术实验室。

1989年1月国际贸易系更名为国际经济贸易系、工商管理系更名为国际企业管理系。

1993年5月成立国际会计系和国际金融系。

1997年9月国际会计系更名为会计学系、国际金融系更名为金融学系、国际企业管理系更名为工商管理系。

2000年4月国际商学院更名为商学院，下设经济学系、工商管理系、国际经济贸易系、会计学系、金融学系5个系和人口研究所等。

2001年7月成立电子商务系。

2003年3月成立市场营销系。

2006年9月设经济学院和管理学院。经济学院有经济学系、国际经济贸易系、金融学系、人口研究所；管理学院有工商管理系、会计学系、电子商务系、市场营销系。

2007年3月产业经济学系和人力资源管理学系正式成立，金融学系更名为金融与保险学系。

2013年7月电子商务系和市场营销系合并为营销与电子商务系。

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