据历史记载,百花古寺的前身为莲花书院,于东汉明帝十一年(公元68年)建于南香山(南樵山)内,与佛教传入中国的历史记载十分接近。据《增城志(明版)》记载,“未有增城,先有百花”。增城建县于东汉建安六年(公元201年),而百花书院比建安早130多年,距今已有1900多年历史,莲花书院是增城最早的文化教育圣地。
据百花古寺重修时《寺志》(今已佚)所载:(莲花书院)屡毁屡建、屡圮屡葺,达五百次。明嘉靖(1536年)时,任南京吏部尚书的湛若水(明朝名儒、著名理学家)告假回乡,筹建“莲洞书院”(有别于莲花书院),并亲笔书写“莲花座”三字镌刻于摩崖之上(现为乡人所藏),那时是南樵山最鼎盛时期。到了明朝神宗万历7年(公元1578年),受当时政制,“毁天下书院为公廨”,百花书院遭到毁坏,书院始改建为百花古寺。莲花书院的衰盛兴灭,见证了儒家文化的发展历史,也见证了增城传统文化的渊源。与该寺相邻的湛子洞,至今已有450年历史,1982年被县列为重点文物保护单位。
据记载,百花寺整座寺庙建筑华丽,构造精巧,香火鼎盛,香客不断。由于历史原因,百花古寺遭到严重破坏,寺内有价值的文物被抢掠,资料尽失,寺毁僧散,仅存遗迹,无法进行法事活动,但依然名声在外。每逢重大的佛教节日,信众自发性地前来上香参拜。
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