玛曲河曲马体形结构匀称,耳长敏捷,胸深广,背长腰短平直,四肢关节筋腱发育壮实。毛色以黑、青为主,也有骝、栗等色。头长,颈长中等,胸肌发达,背平腰短,尻宽平,四肢粗壮。在毛色方面,以黑、青、骝、栗为主,少数马头部和四肢有白章别征。头形非常直,并且耳长敏捷,鼻孔开发,唇厚灵活,下唇微垂。脚深广,鬃押较低,背长腰短头直,尻宽短,腹部充实,四肢干燥,关节明显,前肢努基本端正,后肢稍有刀状和外向,蹄大小适中。
玛曲河曲马平均体高132~139厘米,体重为350~450千克,母马平均体尺(cm):体高132.5cm,体长139.6cm,胸围164.7cm,管围17.8cm。
玛曲河曲马幼驹生长发育较快,初生公驹体尺与成年公马体尺比较,体高为58.96%,体长为42.22%,胸围为41.16%,管围34.30%,初生母驹与成年母马体尺比较,体高为61.90%,体长为43.30%,胸围为42.27%,管围为47.74%。公马5岁、母马4岁达到体成熟。
玛曲河曲马挽力较强,速度中等。最大挽力370挽力kg,骑乘速度为1,200m/1'43"3,驮载100~125kg,日行50km,双套马耕地,每天工作5小时,可耕地4亩左右,役用持久性强,特别具有善走烂泥滩的能力。
玛曲河曲马营养良好的母马1周岁开始发情,一般两周岁配种,繁殖年限公马12~13年,母马15~16年,最长寿命公马为30~33周岁,母马26~28岁,一生可产驹12~13匹,6~12岁为产驹盛期。受胎率一般为67%左右。
玛曲河曲马对高寒、气候多变的恶劣环境有极强的适应能力,耐久力强,适应高海拔,气压低的环境,抗病力强。