中国漕运博物馆于2008年开工建设,总建筑面积7680平方米,分地面主体两层,地下一层,局部两层。地面建筑采取我国明清时期建筑风格,总体为“品”字形布局。地下局部一层,有四个展厅和办公配套用房及文物库房。整个展馆分为历史厅、运河厅、淮安厅以及文物厅,辅以大量的多媒体声光电系统,使整个展馆内容丰富多彩。
江苏淮安位于京杭大运河畔,是国家历史文化名城之一。自古便有‘襟吴带楚客多游,壮丽东南第一州’之美誉。人杰地灵的淮安除了名胜古迹众多,人文荟萃外,历史上的南粮北调、北盐南运,都途经楚州。追溯历史:自隋代起,朝廷便在淮安设立漕运专署,宋代东南六路的粮食由淮水入汴水而至京师。到了明清时期,朝廷在淮安设立漕运总督公署,以督查、催促漕运事宜,主管南粮北调等漕运工作。漕运总督公署是朝廷的派出机构,总督一般由勋爵大臣担任,权力显赫,不仅管理漕运,而且还兼巡抚,因此也称漕抚。公署机构庞大,文官武校及各种官兵约两万多人,下辖储仓、造船厂等。位于楚州城市中心的漕运总督公暑是历史上主管全国漕运的机构。随着历史的变迁,这一建筑规模宏伟、具有较高历史价值的官署逐渐被毁坏,遗址也长年湮没于地下。
2002年,在城市的建筑施工中,漕运大堂、二堂及其附属建筑遗迹被相继发现,并出土了大批的建筑石刻。漕运总督部院遗址暴露后,遂得到了有关部门的重视,并于2000年10月被江苏省政府公布为第5批省级文物保护单位。为了使这一历史上重要的遗迹得到充分的展示与保护,进一步较为完整的研究古代的漕运史,国家有关部门决定在原先漕运总督部院遗址建设漕运广场的基础上新建一座中国漕运历史博物馆。