位于鹭岛东南,原旧破布山白鹿脚下,是五老峰西南支脉的延伸。东南毗万石山植物园,西南靠古刹南普陀寺,西北邻鼓浪屿,东北望筼筜湖与狐尾山,现址在思明区励志路1号。因地处市区边缘,远离尘嚣,环境清幽。建寺前这里层峰罗列、山峦耸峙,林木葱郁、百草丰茂,奇花异草、遍地丛生,白天人迹罕至,夜晚磷火闪烁。妙法林于民国二十三年(1934)由安南(越南)华侨侯妙音出资,转逢和尚的弟子苏志忍(苏淡聪)筹备兴建,用地面积1.175亩,是具有闽南特色的“菜姑”住持的佛堂。主体建筑坐西南朝东北,系闽南传统二进二天井式的民居样式,单层砖石结构,卷棚顶。其前进设为大殿,主供释迦牟尼佛,后为祖堂,供奉先贤。佛堂左右两侧为厢房,周边辟庭院通道,外设有院墙,共五个门,四通八达。
建成后,性愿法师取名为妙法林,弘一法师亲笔题匾,住衆共二十几位菜姑在这里诵经礼佛,系佛教女子清修道场。抗日战争间期,福建省各界抗敌后援会厦门分会利用佛教斋会在这里开展宣传抗日救国,举行入党宣誓仪式,菜姑们也参加募捐支前等爱国活动。
1942年志忍姑往生,妙法林由志忍姑的侄女苏碧芬主持管理,1984年苏碧芬去新加坡,在此期间妙法林起了较大的变化,老菜姑们相继往生,年青菜姑参加革命。1946年4月间中共闽中地委厦门工作委员会书记许集美、主任施能鹤、郑种植等地下党员,在妙法林组建中共闽中地下党厦门工委领导机关秘密驻地成立,以宗教活动掩护进行开展革命活动,直至厦门解放。“妙法林”的出家人本着爱国爱教的精神,为革命事业做出积极贡献。因此1982年3月被厦门市政府列为市级文物保护单位,妙法林佛堂也就成了中共厦门工委(闽中)旧址。
1983年原妙法林当家归国华侨碧芬姑献出自己多年积蓄钵资及募捐将妙法林重建一新。从缅甸请回释迦牟尼佛玉像,于1985年10月举行隆重落成暨佛像开光典礼,由原菜姑后为地下党员统战部干部胡冰姑管理;2003年10月胡冰姑年老往生,现由毕业于福建佛学院预科、闽南佛学院本科原厦门市佛协工作人员释法净法师住持管理,常住比丘尼八人,菜姑二人。
2010年11月8日正式登记为合法的宗教活动场所。2011年6月,在建党九十周年之际,妙法林被国家宗教事务局命名为“全国第一批宗教界爱国主义教育基地”并授牌。