国清寺始建于唐宪宗时(806-820年),开山祖师名为行满,是天台山国清寺的第十代祖师,故此寺与之同名,为中国佛教最早宗派天台宗的一脉。国清寺历经战火,屡次遭损,民国15年(1926年)南通张謇等人发起募化重修大雄宝殿、金刚殿、藏经楼等处,1946年冬月,因战争拆除天王殿部分和藏经楼、西厢房,保留大雄宝殿,1968年被拆除寺庙全部建筑,基址上建成机关和民居。
现在的国清寺为重建建筑,迁建于掘港西南隅古芳泉庙遗址,寺庙东园依中轴线建造了牌坊、山门、照壁、天王殿、大雄宝殿、藏经楼、丈室;两侧建有释迦殿、四大名山殿、千佛殿、大圣殿、文昌殿、东岳殿、土地祠、龙王殿以及钟楼、祖堂、客堂、僧寮等。其殿堂齐全,布局合理,层次分明,朱红色圆柱、杏黄色粉墙、麻石板地面,配以雕梁画栋、翘檐飞角,造型雄伟壮观。
原国清寺遗址总面积约15000平方米,是与日本第十三次遣唐使相关的近海唯一一处明确可指的文化遗产,也是国内目前所知唯一见证日本遣唐使的考古遗迹,现已辟为掘港国清寺遗址公园。