磐陀寺现存之大雄宝殿系明洪武二十五年(1392年)重建,明正统二年(1437年)培修。其形制为单檐歇山式,而阔四柱三开间,进深亦然;平面呈正方形,边长9.95米。檐下铺作斗拱,殿内正中,有泥塑“西方三圣”(即佛家所称“弥陀三圣”);中为阿弥陀,左为观音,右地大势至。三像皆跏趺坐于莲台,高约2米。
殿内四壁有明代壁画(工笔重彩面),是珍贵的文化遗产,内容是描绘“善才童子五十三参”的佛教故事。壁画中的各个故事,都以山水、树木、流云、屋宇、楼亭相间隔,使之上下衔接而又互相独立成章。其笔力道劲流畅,色彩绚丽,画面结构严整,人物刻画细致,类似一部珍贵的古典连环画。
寺之前后尚存摩崖造像4窟,寺前一窟(大佛龛)为元和十五年刊一佛二菩萨,左右外壁刻有浮图及伎乐一队。大佛龛主尊为阿弥陀佛,结跏趺坐于束腰莲台之上,坐高3米有余,螺髻正中饰宝珠一枚,披通肩袈裟,领口低垂,双手仰掌置叠于膝上结“禅定印”,神态雍和安祥。两侧雕凿大势至和观世音二菩萨,主尊头光两侧又浮雕文殊和普贤菩萨造像,这样就构成了既有西方三圣,又有华严三圣,且合龛供养的形制。寺后五窟一为“千佛”,一为“净十变”,另一窟为密宗造像,亦具唐风。
磐陀寺始建于公元820年(唐宪宗元和十五年),原名开元寺,明洪武二十五年(1392年)重建,因寺有大石如磐而改为磐陀寺。解放后,寺院已荡弱荒墟,僧侣绝迹。70年代后磐陀寺仅残存明代大殿一座、殿中三尊大佛塑像、五十三参壁画和殿周几龛摩崖造像。
1985年7月,成都市政府将磐陀寺列为市级文物保护单位,1989年对大殿做屋面维修保护。1995年,民营企业家王泽民先生捐资200万,亲督施工,历时三年,在旧址上重建了大雄宝殿、观音殿、三圣殿,配建了食堂、住房,完善了水电等设施,还请来匠人重塑佛身。
为加强对寺院文物的保护,1995年为寺内摩崖造像修建仿木防雨棚。2001年又砌筑了寺庙围墙,在大殿两边砌筑封闭墙体,并对原有墙体进行加固,同时还对殿内壁画进行了维修保护。2006年5月,磐陀寺摩崖造像与大同乡石笋山摩崖造像、花置寺摩崖造像等一起,合称邛崃石窟,被列为第六批全国重点文物保护单位。
2008年汶川大地震中,磐陀寺文物毁损严重,2010年,有关部门对磐陀寺摩崖造像、大殿、泥塑、壁画分别进行抢救性复原维修,强化防雨排水等保护,同时,新建了大门、中门、亭子和管理用房,并加强了全寺的环境整治。